Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 SPEG-225ENST00000617028 815 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 IZUMO4-213ENST00000620263 947 ntTSL 3 BASIC26.14■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 RASSF7-205ENST00000454668 1450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 ATP5L-201ENST00000300688 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 PTPMT1-201ENST00000326656 928 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 ART5-201ENST00000359918 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 AP002469.2-201ENST00000531724 424 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC26.13■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 AC020909.1-201ENST00000599632 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 PLAUR-214ENST00000601723 1205 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 AC079602.3-201ENST00000623931 403 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 CYP2D7-203ENST00000433992 1740 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 CYP2D7-207ENST00000612115 1734 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 GAMT-202ENST00000447102 1769 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC26.12■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 ELANE-201ENST00000263621 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 CIB2-208ENST00000560618 804 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 KANSL1-AS1-203ENST00000572973 424 ntTSL 3 BASIC26.12■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 GNAS-AS1-203ENST00000598163 548 ntTSL 4 BASIC26.12■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 C1orf43-210ENST00000640799 1287 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 PLPP4-202ENST00000398250 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 GABRD-205ENST00000638771 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.11■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 MAL-203ENST00000353004 873 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 CAPG-203ENST00000409670 1183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 AC113382.1-201ENST00000500267 1253 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC26.11■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 ANAPC11-217ENST00000579978 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 AC012615.1-201ENST00000565797 1299 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 NAA38-203ENST00000575071 553 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 LINC01711-201ENST00000598340 967 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.09■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 IRF5-202ENST00000357234 1680 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 GPAT2P1-201ENST00000444924 1672 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 AC126773.2-201ENST00000562172 1682 ntTSL 3 BASIC26.09■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 RPL36-202ENST00000394580 556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC26.09■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 AC093459.1-201ENST00000444567 481 ntTSL 3 BASIC26.09■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 LINC00265-3P-201ENST00000447588 903 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 KRT18P31-201ENST00000506277 1292 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 AP000867.3-201ENST00000524675 377 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 AC079031.1-201ENST00000542627 1035 ntTSL 3 BASIC26.09■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 AL662844.1-201ENST00000546340 181 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 RPL19-204ENST00000579260 1051 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 AC243773.1-201ENST00000614759 544 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 IFNL4-202ENST00000616270 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 GTF3C5-201ENST00000342018 1905 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 AC036111.1-201ENST00000533973 1582 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 FCN3-201ENST00000270879 1030 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 FUOM-201ENST00000278025 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 FCN3-202ENST00000354982 997 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 MIR662-201ENST00000384847 95 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 ITM2C-204ENST00000409704 1106 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 AC007834.1-201ENST00000446473 728 ntTSL 3 BASIC26.08■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 SEC1P-202ENST00000473944 940 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
NPHP3Q7Z494 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.7 ms