Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 PGS1-201ENST00000262764 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 Z85996.1-201ENST00000494644 937 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 KRT16P1-201ENST00000399124 1418 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 AL135905.2-201ENST00000584934 1404 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 PTGES2-AS1-201ENST00000443493 2100 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 UBE2Q2-204ENST00000561851 1582 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 ZNF582-207ENST00000619584 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 PCDHA4-201ENST00000378125 2328 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
VPS54Q9P1Q0 SMAD7-201ENST00000262158 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 KCTD18-201ENST00000359878 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 BACE2-202ENST00000330333 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 AC012618.2-201ENST00000428058 849 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 PPP1R14BP5-201ENST00000440334 435 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 FOSL1-204ENST00000532401 1132 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 ISG20-210ENST00000560741 800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 AC006504.5-207ENST00000586220 487 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 ANXA8L1-201ENST00000584982 2174 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 VAV1-210ENST00000602142 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 AC012414.5-201ENST00000564214 1602 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 ANGPTL4-201ENST00000301455 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 P2RX5-202ENST00000345901 2031 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 YTHDC2-207ENST00000515883 2629 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 GPBAR1-202ENST00000519574 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 KRT8P41-201ENST00000533985 1514 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 ENOPH1-203ENST00000509635 1874 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 ZMAT3-203ENST00000432729 2944 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 ZNF843-203ENST00000618063 1765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 HCK-206ENST00000518730 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 NAT6-201ENST00000354862 1330 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 LCE2B-201ENST00000368780 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 ANAPC11-207ENST00000572639 578 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 AC011445.1-201ENST00000601911 877 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 FXYD3-214ENST00000605677 633 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 TMEM235-203ENST00000550981 1786 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 LAD1-202ENST00000391967 2906 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 SYNDIG1L-201ENST00000331628 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 C1orf210-202ENST00000523677 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 HCG18-235ENST00000426882 4862 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 IP6K1-204ENST00000468463 1815 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 ARMC6-220ENST00000546344 1814 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 DMRT2-204ENST00000382251 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 ADAP1-217ENST00000611167 2118 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 TSC22D4-202ENST00000393991 1469 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS54Q9P1Q0 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20 ms