Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 GABARAPL3-202ENST00000624044 1851 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 LAPTM4B-204ENST00000619747 2758 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 PHF12-201ENST00000268756 2957 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 NME1-207ENST00000480143 964 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 LY6L-201ENST00000562505 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 ACTR3B-203ENST00000397282 1692 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 ITGBL1-202ENST00000376180 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 ADAMTS19-205ENST00000638972 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 BCS1L-201ENST00000359273 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 HES7-201ENST00000317814 678 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 ZNF584-202ENST00000322834 1042 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 Z85996.1-201ENST00000494644 937 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 EGLN1P1-201ENST00000531623 762 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 AC126696.3-202ENST00000570159 553 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 ST20-MTHFS-203ENST00000615374 679 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 MINOS1-NBL1-204ENST00000602662 1623 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 USP21-203ENST00000368002 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 FAM207BP-201ENST00000447172 505 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 ECEL1P2-202ENST00000465689 757 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 AC091390.4-202ENST00000476426 537 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 SLC52A2-205ENST00000526752 710 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 HRASLS5-205ENST00000539221 1167 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 MTA1-207ENST00000435036 2888 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 GLS-201ENST00000320717 4834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 KCNIP4-206ENST00000447367 1641 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 PTCRA-201ENST00000304672 1080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 PSEN1-203ENST00000394157 1249 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 AC099329.3-201ENST00000431549 602 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 PTCRA-202ENST00000441198 1005 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 PTCRA-203ENST00000446507 759 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 AL160286.2-201ENST00000567150 934 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 OAZ1-211ENST00000602676 1148 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 TMEM198-202ENST00000373883 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 OGFOD2-222ENST00000545317 1481 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 LINC01465-201ENST00000408887 1940 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 LTBP3-217ENST00000530785 2461 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 RRAS-201ENST00000246792 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 AL139246.2-201ENST00000456687 1297 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 AC091153.3-201ENST00000497885 472 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRERF1Q96PN7 CYGB-204ENST00000589342 815 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.6 ms