Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 LDHAL6A-202ENST00000396213 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 RNF212-202ENST00000382968 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 TMEM175-220ENST00000515740 1514 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 NME1-207ENST00000480143 964 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 ISG20-210ENST00000560741 800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 WDR41-208ENST00000507029 1553 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 GXYLT1-202ENST00000398675 7497 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 P2RX3-204ENST00000616487 1346 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 TBX21-201ENST00000177694 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 ADARB1-201ENST00000348831 6882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 EEF1A2-201ENST00000217182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 CYGB-201ENST00000293230 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 SAPCD2P4-201ENST00000424595 1171 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 Z98884.1-201ENST00000451646 830 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 AC233702.5-201ENST00000584107 538 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 FAM117B-201ENST00000392238 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 FARSA-207ENST00000588025 2057 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 COL9A3-201ENST00000343916 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 NHLRC1-201ENST00000340650 2248 ntAPPRIS P1 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 IP6K1-204ENST00000468463 1815 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 TMEM70-201ENST00000312184 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 AC004982.2-201ENST00000609497 1578 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 TM7SF3-201ENST00000343028 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 CROCCP4-202ENST00000633627 573 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 MED15P9-202ENST00000427638 1841 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 IL15-208ENST00000529613 1355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 BACE1-204ENST00000445823 1408 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 WWOX-205ENST00000539474 1670 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 PDZD3-203ENST00000525131 1882 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 GNA12-201ENST00000275364 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 TPGS2-221ENST00000614939 1268 ntTSL 4 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 AC004816.2-201ENST00000622856 284 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 NAT8L-201ENST00000331662 5571 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 ANXA8L1-201ENST00000584982 2174 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 AC104417.2-201ENST00000562989 1793 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 MEN1-208ENST00000394374 3155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 MACROD2-201ENST00000217246 4994 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 KLHDC10-201ENST00000335420 6437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 AL032819.2-201ENST00000624543 2162 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 IMPDH1-214ENST00000496200 2283 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 SORCS3-201ENST00000369699 5530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 KIF26A-202ENST00000423312 5649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 AC012618.2-201ENST00000428058 849 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 AC022509.3-202ENST00000545819 566 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.7 ms