Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 GAL3ST1-206ENST00000406955 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 IFRD1-201ENST00000005558 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 GAS2L1P1-201ENST00000420145 1480 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 LGALS9-202ENST00000313648 1378 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 AC026412.3-201ENST00000605200 1661 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 SUMF2-202ENST00000342190 1876 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 TPD52-211ENST00000519303 1594 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 FDX2-206ENST00000492239 773 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 SPINK2-206ENST00000618802 608 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 AC141586.3-201ENST00000562166 1838 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 UCHL5-202ENST00000367449 1507 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 ESR2-212ENST00000556275 2695 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 NAPA-210ENST00000595227 1460 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 USP21-203ENST00000368002 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 HYAL3-203ENST00000415204 959 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 AC008763.3-201ENST00000597959 777 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 ERICH4-201ENST00000378187 946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 TAPBP-236ENST00000456592 817 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 CYGB-204ENST00000589342 815 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 MRGPRF-201ENST00000309099 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 HCK-206ENST00000518730 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 AL032819.2-201ENST00000624543 2162 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 AC124066.1-201ENST00000581122 1660 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 GJB3-202ENST00000373366 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 ANTXR1-203ENST00000409829 2221 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 ANGPTL4-201ENST00000301455 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.1 ms