Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 LCE4A-202ENST00000368777 672 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 CT47A1-201ENST00000433030 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 TMEM243-203ENST00000433078 1273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 CD1E-214ENST00000452291 745 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 PDZD7-203ENST00000470414 1057 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 AC104596.1-202ENST00000507486 759 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 VENTXP5-201ENST00000523979 775 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 NES-201ENST00000368223 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 COLEC12-201ENST00000400256 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 RNF216P1-205ENST00000406089 807 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 AC074183.1-201ENST00000439105 782 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 APBB3-216ENST00000511201 1014 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 BIRC5-207ENST00000590449 568 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 AC022154.1-201ENST00000600303 766 ntTSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 GPX4-210ENST00000611653 793 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 AL691432.3-201ENST00000621860 400 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 HAGHL-203ENST00000389703 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 DCTN3-201ENST00000259632 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 CFL1-201ENST00000308162 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 COMTD1-201ENST00000372538 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 AC005091.1-201ENST00000441955 1190 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 AC022424.1-201ENST00000512155 889 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 CCDC106-206ENST00000591241 1153 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 AC008622.2-201ENST00000617006 1229 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 AC012313.10-201ENST00000623509 926 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 TMEM230-206ENST00000379283 1660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 PPP1R7-207ENST00000407025 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 ST6GALNAC6-215ENST00000542456 2018 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 SPAG4-201ENST00000374273 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 FXN-203ENST00000396366 922 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 LINC01024-205ENST00000521563 939 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 FAM86C2P-201ENST00000525180 435 ntTSL 4 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 CSRP1-214ENST00000531916 890 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 AL136038.3-201ENST00000561909 1096 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 GFOD2-207ENST00000602855 819 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 OR10H5-201ENST00000308940 1132 ntAPPRIS P1 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 PDLIM4-202ENST00000379018 1006 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 UBE2J2-205ENST00000400930 1021 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 AL451069.1-201ENST00000455414 634 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 DIO1-206ENST00000525202 558 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 CMTM3-210ENST00000565666 769 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 AC239803.1-201ENST00000594189 1278 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 WDSUB1-203ENST00000392796 1812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMD1Q9UGP4 SMTN-204ENST00000404574 1735 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.8 ms