Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 SUMF2-202ENST00000342190 1876 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 TRPM4-213ENST00000599628 1829 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 HIST1H2AI-201ENST00000358739 503 ntAPPRIS P1 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 ILF2-202ENST00000368681 726 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 LINC01237-203ENST00000430555 843 ntTSL 4 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 EMBP1-201ENST00000458200 901 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 ARSK-202ENST00000504763 1088 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 AC004076.1-201ENST00000596831 664 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 BEAN1-211ENST00000622872 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 KRT8P11-201ENST00000409686 1436 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 TMEM175-220ENST00000515740 1514 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 QPCTL-202ENST00000366382 1814 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 PRKRA-203ENST00000432031 1344 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 THNSL2-205ENST00000449349 1616 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 PDIA5-201ENST00000316218 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 STRA8-201ENST00000275764 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 TCEAL2-202ENST00000372780 1100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 TSPY19P-201ENST00000418461 509 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 TSPY18P-201ENST00000441642 509 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 ACY1-210ENST00000494103 1298 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 LINC02237-202ENST00000521904 477 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 AL121832.1-201ENST00000615180 677 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 AL365255.1-201ENST00000637702 847 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 USF2-202ENST00000343550 1523 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 CD37-204ENST00000535669 1674 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 ST3GAL3-239ENST00000545417 1667 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 ICA1-208ENST00000407906 1615 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 ENOPH1-203ENST00000509635 1874 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 CYP46A1-202ENST00000380228 1597 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 LCE1F-201ENST00000334371 357 ntAPPRIS P1 BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 SDCBP2-203ENST00000381808 1261 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 LMCD1-AS1-204ENST00000446281 932 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 AL160237.2-201ENST00000556165 472 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 ZNF524-203ENST00000591046 1260 ntAPPRIS P1 BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL6A1P12109 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
COL6A1P12109 BCL11A-209ENST00000489516 1508 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
COL6A1P12109 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
COL6A1P12109 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
COL6A1P12109 CYSTM1-201ENST00000261811 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
COL6A1P12109 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
COL6A1P12109 TMEM150B-201ENST00000326652 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
COL6A1P12109 RPP38-203ENST00000378202 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
COL6A1P12109 CD99-205ENST00000381192 1245 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
COL6A1P12109 AL591212.1-201ENST00000433646 615 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
COL6A1P12109 AL162457.2-201ENST00000447909 937 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
COL6A1P12109 NTMT1-205ENST00000459968 1123 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
COL6A1P12109 NTMT1-207ENST00000482347 1072 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
COL6A1P12109 AP002414.4-201ENST00000589764 1148 ntBASIC21.32■■□□□ 1
COL6A1P12109 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
COL6A1P12109 HLX-201ENST00000366903 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
COL6A1P12109 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
COL6A1P12109 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
COL6A1P12109 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL6A1P12109 NUDT16L1-201ENST00000304301 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL6A1P12109 ANXA8L1-203ENST00000613703 1874 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
COL6A1P12109 AURKAIP1-202ENST00000338338 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL6A1P12109 KCNK7-202ENST00000342202 1283 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL6A1P12109 MHENCR-202ENST00000449500 801 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
COL6A1P12109 MPI-205ENST00000562606 1052 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
COL6A1P12109 ANKRD29-202ENST00000585908 846 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
COL6A1P12109 DEF8-228ENST00000610455 816 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL6A1P12109 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL6A1P12109 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL6A1P12109 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
COL6A1P12109 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL6A1P12109 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL6A1P12109 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL6A1P12109 ARHGAP8-202ENST00000356099 1584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL6A1P12109 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL6A1P12109 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
COL6A1P12109 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
COL6A1P12109 KRT18P1-202ENST00000452408 1331 ntBASIC21.3■■□□□ 1
COL6A1P12109 RPLP0-219ENST00000551150 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
COL6A1P12109 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.2 ms