Protein–RNA interactions for Protein: O43196

MSH5, MutS protein homolog 5, humanhuman

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH5O43196 IGKV1OR1-1-201ENST00000613775 347 ntBASIC10.64□□□□□ -0.71
MSH5O43196 AC009831.4-201ENST00000620744 325 ntBASIC10.64□□□□□ -0.71
MSH5O43196 LINC02210-213ENST00000591271 9678 ntTSL 3 BASIC10.64□□□□□ -0.71
MSH5O43196 AC009237.3-203ENST00000442128 3551 ntBASIC10.64□□□□□ -0.71
MSH5O43196 C20orf194-201ENST00000252032 6869 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.64□□□□□ -0.71
MSH5O43196 HBS1L-205ENST00000367837 7163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.64□□□□□ -0.71
MSH5O43196 GSTM2-204ENST00000369831 1730 ntTSL 2 BASIC10.64□□□□□ -0.71
MSH5O43196 KCNMB3-205ENST00000485523 7246 ntTSL 1 (best) BASIC10.64□□□□□ -0.71
MSH5O43196 IGSF11-201ENST00000354673 3206 ntTSL 1 (best) BASIC10.63□□□□□ -0.71
MSH5O43196 CLNK-204ENST00000515667 4180 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC10.63□□□□□ -0.71
MSH5O43196 DAZ4-207ENST00000634662 1832 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.63□□□□□ -0.71
MSH5O43196 SRP72P2-201ENST00000344851 1979 ntBASIC10.63□□□□□ -0.71
MSH5O43196 SEM1-215ENST00000615352 2637 ntTSL 5 BASIC10.63□□□□□ -0.71
MSH5O43196 MORC3-201ENST00000400485 4246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.63□□□□□ -0.71
MSH5O43196 TP53BP1-203ENST00000382044 10384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.63□□□□□ -0.71
MSH5O43196 AC027088.4-201ENST00000611559 1947 ntBASIC10.63□□□□□ -0.71
MSH5O43196 ZNF644-212ENST00000621077 2056 ntTSL 5 BASIC10.63□□□□□ -0.71
MSH5O43196 GINS4-201ENST00000276533 3841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.63□□□□□ -0.71
MSH5O43196 RN7SKP275-201ENST00000364626 301 ntBASIC10.63□□□□□ -0.71
MSH5O43196 RNU6-701P-201ENST00000384059 107 ntBASIC10.63□□□□□ -0.71
MSH5O43196 RNU6-356P-201ENST00000384140 107 ntBASIC10.63□□□□□ -0.71
MSH5O43196 AL590704.1-201ENST00000402856 794 ntBASIC10.63□□□□□ -0.71
MSH5O43196 PIGCP2-201ENST00000433617 835 ntBASIC10.63□□□□□ -0.71
MSH5O43196 CYP2C56P-201ENST00000440076 291 ntBASIC10.63□□□□□ -0.71
MSH5O43196 RPS27AP3-201ENST00000453803 454 ntBASIC10.63□□□□□ -0.71
MSH5O43196 AP000870.1-201ENST00000472927 406 ntBASIC10.63□□□□□ -0.71
MSH5O43196 AC005823.2-201ENST00000505978 650 ntTSL 3 BASIC10.63□□□□□ -0.71
MSH5O43196 AC025741.1-201ENST00000506100 544 ntTSL 4 BASIC10.63□□□□□ -0.71
MSH5O43196 AP004607.5-201ENST00000532034 217 ntBASIC10.63□□□□□ -0.71
MSH5O43196 PTCSC3-201ENST00000556013 571 ntTSL 1 (best) BASIC10.63□□□□□ -0.71
MSH5O43196 FARSA-AS1-201ENST00000592636 241 ntTSL 5 BASIC10.63□□□□□ -0.71
MSH5O43196 FXYD6P1-201ENST00000604857 285 ntBASIC10.63□□□□□ -0.71
MSH5O43196 SNORD115-40-201ENST00000606510 82 ntBASIC10.63□□□□□ -0.71
MSH5O43196 LINC02391-201ENST00000615716 800 ntTSL 5 BASIC10.63□□□□□ -0.71
MSH5O43196 Metazoa_SRP.99-201ENST00000621370 254 ntBASIC10.63□□□□□ -0.71
MSH5O43196 POU2F2-219ENST00000625670 371 ntTSL 5 BASIC10.63□□□□□ -0.71
MSH5O43196 GABRP-201ENST00000265294 3310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.63□□□□□ -0.71
MSH5O43196 MTIF2-201ENST00000263629 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.63□□□□□ -0.71
MSH5O43196 IFT74-204ENST00000443698 2163 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.63□□□□□ -0.71
MSH5O43196 AC116535.1-201ENST00000499765 2335 ntTSL 2 BASIC10.63□□□□□ -0.71
MSH5O43196 CTNND1-202ENST00000361332 6295 ntTSL 1 (best) BASIC10.63□□□□□ -0.71
MSH5O43196 TRAPPC13-201ENST00000231526 2715 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC10.63□□□□□ -0.71
MSH5O43196 AC099506.1-201ENST00000567359 4037 ntTSL 1 (best) BASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 ZFHX3-201ENST00000268489 16064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 C5orf34-201ENST00000306862 2507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 IL31RA-203ENST00000359040 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 FAM197Y8-201ENST00000426661 2340 ntTSL 2 BASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 FAM197Y6-202ENST00000442145 2340 ntTSL 2 BASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 LINC01684-201ENST00000415182 2176 ntTSL 1 (best) BASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 AC114324.1-201ENST00000504077 3152 ntBASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 OPALIN-202ENST00000393870 3578 ntTSL 3 BASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 ZNF253-201ENST00000355650 2268 ntTSL 1 (best) BASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 KCNMA1-273ENST00000639913 12071 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 CYP8B1-201ENST00000316161 3974 ntAPPRIS P1 BASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 RPL10P16-201ENST00000325000 645 ntBASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 Y_RNA.114-201ENST00000363265 113 ntBASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 Y_RNA.230-201ENST00000364348 109 ntBASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 Y_RNA.521-201ENST00000384560 114 ntBASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 MIR649-201ENST00000384843 97 ntBASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 AL035079.1-201ENST00000405210 287 ntBASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 Y_RNA.593-201ENST00000410292 98 ntBASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 AF186996.5-201ENST00000418098 904 ntBASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 AL137071.1-201ENST00000422150 243 ntTSL 3 BASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 GPBP1-203ENST00000424459 4683 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 SNORD121B-201ENST00000458838 81 ntBASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 AC079944.1-201ENST00000485426 495 ntBASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 AC111198.1-201ENST00000505575 606 ntTSL 4 BASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 RNU6-1018P-201ENST00000516577 106 ntBASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 LINC00967-204ENST00000518412 271 ntTSL 5 BASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 AC099793.1-201ENST00000567538 285 ntTSL 3 BASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 AC093826.2-201ENST00000579042 108 ntBASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 CACYBP-209ENST00000613570 2835 ntTSL 2 BASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 MID1-201ENST00000317552 6463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 SLC5A1-204ENST00000543737 4752 ntTSL 2 BASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 RIMS1-219ENST00000523963 3097 ntTSL 2 BASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 SYNE1-211ENST00000413186 4860 ntTSL 5 BASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 SEC24D-211ENST00000511481 2626 ntTSL 1 (best) BASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 RRM2-213ENST00000641198 3431 ntAPPRIS P1 BASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 GRIK2-207ENST00000421544 4789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 RPL7L1-208ENST00000493763 4476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 LIMCH1-219ENST00000514096 3543 ntTSL 1 (best) BASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 MAP2-203ENST00000361559 2038 ntTSL 1 (best) BASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 NRXN3-207ENST00000554719 4156 ntTSL 1 (best) BASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 AFF1-211ENST00000544085 3644 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.62□□□□□ -0.71
MSH5O43196 CU633906.2-201ENST00000624576 2257 ntTSL 5 BASIC10.61□□□□□ -0.71
MSH5O43196 ZNF197-205ENST00000396058 4299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.61□□□□□ -0.71
MSH5O43196 DHX35-201ENST00000252011 3325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.61□□□□□ -0.71
MSH5O43196 C15orf41-202ENST00000437989 2240 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.61□□□□□ -0.71
MSH5O43196 BRD8-204ENST00000411594 2967 ntTSL 5 BASIC10.61□□□□□ -0.71
MSH5O43196 MAPK10-345ENST00000641724 2980 ntAPPRIS P2 BASIC10.61□□□□□ -0.71
MSH5O43196 SKP1-209ENST00000522552 1683 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.61□□□□□ -0.71
MSH5O43196 TMEM108-201ENST00000321871 3744 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.61□□□□□ -0.71
MSH5O43196 LIN9-205ENST00000481685 1916 ntTSL 1 (best) BASIC10.61□□□□□ -0.71
MSH5O43196 COLGALT2-203ENST00000367521 4723 ntTSL 2 BASIC10.61□□□□□ -0.71
MSH5O43196 RNU6-843P-201ENST00000384454 104 ntBASIC10.61□□□□□ -0.71
MSH5O43196 AL355375.1-201ENST00000405686 392 ntBASIC10.61□□□□□ -0.71
MSH5O43196 U6atac.2-201ENST00000408644 118 ntBASIC10.61□□□□□ -0.71
MSH5O43196 AC019181.1-201ENST00000417151 310 ntBASIC10.61□□□□□ -0.71
MSH5O43196 CYCSP49-201ENST00000420810 319 ntBASIC10.61□□□□□ -0.71
MSH5O43196 FTH1P20-201ENST00000434913 548 ntBASIC10.61□□□□□ -0.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 140.8 ms