Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 TNFRSF1A-201ENST00000162749 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 DBN1-210ENST00000512501 1878 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A3-211ENST00000548847 1369 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 PTPA-216ENST00000432651 857 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 NME1-207ENST00000480143 964 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 KCNIP4-206ENST00000447367 1641 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 MINOS1-NBL1-204ENST00000602662 1623 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 IL15-208ENST00000529613 1355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 CYB561-204ENST00000448884 1496 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 IKBKB-210ENST00000518983 447 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 AL160286.2-201ENST00000567150 934 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 AC130371.2-201ENST00000619443 611 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 KAZN-209ENST00000636564 1197 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 ASNS-206ENST00000437628 1638 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 FAM207BP-201ENST00000447172 505 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 ABHD11-207ENST00000458339 890 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 AC003982.1-201ENST00000477404 484 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 Z85996.1-201ENST00000494644 937 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 WWOX-205ENST00000539474 1670 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 RETREG2-203ENST00000430297 4618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 CENPA-201ENST00000233505 1299 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP3Q9Y3E7 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP3Q9Y3E7 HLA-DRB1-201ENST00000360004 1229 ntAPPRIS P1 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP3Q9Y3E7 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP3Q9Y3E7 AC091390.4-202ENST00000476426 537 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP3Q9Y3E7 AC145285.6-201ENST00000604632 637 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP3Q9Y3E7 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP3Q9Y3E7 TMEM175-220ENST00000515740 1514 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP3Q9Y3E7 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP3Q9Y3E7 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CHMP3Q9Y3E7 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CHMP3Q9Y3E7 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CHMP3Q9Y3E7 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CHMP3Q9Y3E7 FN3KRP-201ENST00000269373 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CHMP3Q9Y3E7 PSEN1-203ENST00000394157 1249 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CHMP3Q9Y3E7 RCN1P1-201ENST00000400413 996 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
CHMP3Q9Y3E7 AP003501.2-201ENST00000524433 477 ntTSL 4 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CHMP3Q9Y3E7 SIGLEC15-202ENST00000546268 1054 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CHMP3Q9Y3E7 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CHMP3Q9Y3E7 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CHMP3Q9Y3E7 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CHMP3Q9Y3E7 TMEM25-203ENST00000354284 1456 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CHMP3Q9Y3E7 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CHMP3Q9Y3E7 RBM26-202ENST00000438724 5152 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CHMP3Q9Y3E7 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CHMP3Q9Y3E7 TAF5L-201ENST00000258281 3112 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CHMP3Q9Y3E7 VPS53-201ENST00000291074 2656 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CHMP3Q9Y3E7 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CHMP3Q9Y3E7 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CHMP3Q9Y3E7 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CHMP3Q9Y3E7 FAM189B-201ENST00000350210 2379 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CHMP3Q9Y3E7 GLI4-202ENST00000344692 1012 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CHMP3Q9Y3E7 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CHMP3Q9Y3E7 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CHMP3Q9Y3E7 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CHMP3Q9Y3E7 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.2 ms