Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 HSPB6-201ENST00000004982 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 PFN1-201ENST00000225655 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 HBZP1-201ENST00000354915 429 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 HIST1H2AI-201ENST00000358739 503 ntAPPRIS P1 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 RPP38-203ENST00000378202 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 ZMYM5-203ENST00000382907 1092 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 AL591212.1-201ENST00000433646 615 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 LINC02237-202ENST00000521904 477 ntTSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 RNPS1-224ENST00000569598 918 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 AL121672.3-201ENST00000608644 468 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 WIPI1-202ENST00000546360 1575 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 TMEM179-206ENST00000616017 1645 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 ZBED3-AS1-208ENST00000512001 1668 ntTSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 SMTN-204ENST00000404574 1735 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 LINC01465-201ENST00000408887 1940 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 DYDC2-206ENST00000444807 1173 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 MIR3180-1-201ENST00000580374 94 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 MIR3180-3-201ENST00000584616 94 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 AC008481.3-201ENST00000585656 727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 C16orf74-203ENST00000602675 744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 C16orf74-206ENST00000602766 832 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 TSTD3-202ENST00000636394 336 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 AC016734.2-201ENST00000624325 1377 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 ATP5J-203ENST00000400090 647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 LINC01315-202ENST00000424852 1142 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 AC105202.1-201ENST00000517833 995 ntTSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 AC021739.3-201ENST00000557908 855 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 AC124016.1-202ENST00000609575 619 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 FCN3-201ENST00000270879 1030 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 LCE1F-201ENST00000334371 357 ntAPPRIS P1 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 FCN3-202ENST00000354982 997 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 FAM19A3-201ENST00000361886 1056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 ZFAND2B-207ENST00000409412 569 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 AC092597.1-201ENST00000487352 616 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 TESMIN-209ENST00000544963 1235 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 TNNT1-204ENST00000585321 995 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 AC011498.5-201ENST00000592027 486 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 AC004076.1-201ENST00000596831 664 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 PEX16-202ENST00000378750 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 TEX13A-201ENST00000600991 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 KRT17-205ENST00000540235 1438 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 USF2-202ENST00000343550 1523 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 SELENOF-207ENST00000611507 1785 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.72
CCDC9Q9Y3X0 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 GJC3-201ENST00000312891 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 TMEM150B-201ENST00000326652 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 AC079385.1-202ENST00000549203 569 ntTSL 4 BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 AL161669.1-201ENST00000559843 386 ntTSL 3 BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 TBCB-205ENST00000585746 875 ntTSL 3 BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD29-202ENST00000585908 846 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 AL732292.2-201ENST00000609649 430 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC9Q9Y3X0 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.1 ms