Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 CD70-201ENST00000245903 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 MRPL43-208ENST00000370242 884 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 GNB1L-203ENST00000405009 1076 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 PLAUR-214ENST00000601723 1205 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 AL162741.1-201ENST00000565563 1558 ntBASIC23.7■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.39
BRCA1P38398 PLPP4-202ENST00000398250 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 MOS-201ENST00000311923 1041 ntAPPRIS P1 BASIC23.7■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 GPR137-204ENST00000438980 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 ANXA8L1-203ENST00000613703 1874 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 AGO3-202ENST00000324350 1726 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 AL662844.1-201ENST00000546340 181 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 CYP2D7-203ENST00000433992 1740 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 CYP2D7-207ENST00000612115 1734 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 ST3GAL3-239ENST00000545417 1667 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 GJC3-201ENST00000312891 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC23.68■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 AC004975.2-201ENST00000442017 565 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 AC007834.1-201ENST00000446473 728 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 RNA5SP419-201ENST00000515908 135 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 ORAOV1-210ENST00000539414 817 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 FBXO27-207ENST00000600828 1557 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 RRAS-201ENST00000246792 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 CD1E-203ENST00000368156 861 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 RAB24-204ENST00000393611 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 LINC01128-207ENST00000449005 874 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 PENK-208ENST00000523051 772 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 IFNL4-202ENST00000616270 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 ATP5L-201ENST00000300688 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 CFC1-203ENST00000621673 1444 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 CDX4-201ENST00000373514 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 AC002310.5-201ENST00000569360 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 CNPY2-201ENST00000273308 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 SYS1-202ENST00000372727 813 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 TEX30-205ENST00000376029 959 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 AC092338.2-202ENST00000567158 611 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 AC243773.1-201ENST00000614759 544 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 CYP1B1-AS1-214ENST00000620177 554 ntTSL 4 BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 YPEL5-205ENST00000402708 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 CAB39-202ENST00000409788 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 NUDT16L1-201ENST00000304301 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 NR1H2-202ENST00000411902 1466 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 GGT1-208ENST00000404920 657 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 MMP24-AS1-201ENST00000424358 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 LINC01063-201ENST00000441644 348 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 MMP24-AS1-209ENST00000456790 712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 SEC1P-202ENST00000473944 940 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 GGTLC2-203ENST00000480559 657 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 PLPP5-214ENST00000531823 875 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 AL512343.2-201ENST00000609423 490 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 SPINK2-205ENST00000616980 677 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 AC092902.2-222ENST00000626312 568 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 GAL3ST1-206ENST00000406955 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 LMCD1-AS1-204ENST00000446281 932 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 AP003396.1-201ENST00000501918 507 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 KRT18P31-201ENST00000506277 1292 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 RPL19-204ENST00000579260 1051 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 SPEG-225ENST00000617028 815 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 EIF2B1-204ENST00000537073 1768 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
BRCA1P38398 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.7 ms