Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ4

TRIM35, Tripartite motif-containing protein 35, humanhuman

Predictions only

Length 493 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM35Q9UPQ4 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
TRIM35Q9UPQ4 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
TRIM35Q9UPQ4 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
TRIM35Q9UPQ4 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
TRIM35Q9UPQ4 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM35Q9UPQ4 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM35Q9UPQ4 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM35Q9UPQ4 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM35Q9UPQ4 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM35Q9UPQ4 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM35Q9UPQ4 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM35Q9UPQ4 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM35Q9UPQ4 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM35Q9UPQ4 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM35Q9UPQ4 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM35Q9UPQ4 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM35Q9UPQ4 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM35Q9UPQ4 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM35Q9UPQ4 PEX16-210ENST00000532681 1639 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM35Q9UPQ4 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM35Q9UPQ4 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 B3GALNT2-201ENST00000313984 1874 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 KRTCAP3-201ENST00000288873 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 AL355355.2-201ENST00000442321 338 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 AC130371.2-201ENST00000619443 611 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 USP21-203ENST00000368002 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 AC008691.1-203ENST00000515337 1580 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 C6orf89-203ENST00000373685 1400 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 SPON2-203ENST00000431380 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 TNFRSF12A-206ENST00000575124 1133 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 KANK3-205ENST00000610351 1191 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 ENOPH1-203ENST00000509635 1874 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 GABRD-205ENST00000638771 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 FN3KRP-201ENST00000269373 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 FAM3A-215ENST00000447601 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 FAM87B-201ENST00000326734 1947 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 CENPA-201ENST00000233505 1299 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 AC091390.4-202ENST00000476426 537 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 EEF1A2-201ENST00000217182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 MAP3K11-210ENST00000532507 1812 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 HIKESHI-207ENST00000533986 1694 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 TMEM234-203ENST00000373593 1411 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 TRAK2-202ENST00000430254 1436 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 TMEM235-203ENST00000550981 1786 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC25.29■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 GLRB-205ENST00000512619 728 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 GPRIN2-201ENST00000374314 1696 ntAPPRIS P1 BASIC25.29■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
TRIM35Q9UPQ4 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.5 ms