Protein–RNA interactions for Protein: Q96CF2

CHMP4C, Charged multivesicular body protein 4c, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4CQ96CF2 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 ZNRF3-203ENST00000544604 6851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 LGI2-201ENST00000382114 6428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 EIF2AK4-209ENST00000560648 687 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 STIM2-211ENST00000639195 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 ZNF346-209ENST00000512315 1575 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 ISLR2-202ENST00000419208 2306 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 RUSC2-202ENST00000455600 5636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 ZNF280B-203ENST00000626650 5721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 WWC3-201ENST00000380861 6647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 PKD2-201ENST00000237596 5056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 CYB561-204ENST00000448884 1496 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 MOGS-201ENST00000233616 2895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 QKI-203ENST00000361752 9463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 INTS11-250ENST00000620829 1862 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 RIMBP3C-201ENST00000331505 5475 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 TXNRD2-202ENST00000400518 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 SLC11A2-208ENST00000546743 1740 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 TP53BP2-202ENST00000391878 4741 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 RGS11-204ENST00000397770 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 MRGPRF-201ENST00000309099 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 DENND1A-203ENST00000373624 5010 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 ANKRD40-201ENST00000285243 4184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CHMP4CQ96CF2 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.4 ms