Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC29.33■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 SUMF2-202ENST00000342190 1876 ntTSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 TNNT3-206ENST00000381579 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 DUSP5P1-201ENST00000441325 1139 ntBASIC29.33■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 DCTN3-209ENST00000477738 713 ntTSL 3 BASIC29.33■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 AL138966.2-201ENST00000621997 464 ntBASIC29.33■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 NAPA-210ENST00000595227 1460 ntTSL 3 BASIC29.33■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
TCOF1Q13428 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC29.32■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 PRSS44-201ENST00000515154 1146 ntBASIC29.32■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 TSTD3-202ENST00000636394 336 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.32■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 TRIM73-205ENST00000450434 1425 ntTSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 EARS2-206ENST00000563232 1709 ntTSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 ZNF346-209ENST00000512315 1575 ntTSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 AL390860.1-201ENST00000449298 1541 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 HSPB6-201ENST00000004982 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 SERPINH1-212ENST00000530284 1358 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC29.31■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 MUC1-212ENST00000457295 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 CUTA-210ENST00000488034 769 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 ETS1-207ENST00000531611 2134 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 NUDT15-201ENST00000258662 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 GABBR1-202ENST00000376977 1739 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 FAM131A-204ENST00000418281 1664 ntTSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 AC008691.1-203ENST00000515337 1580 ntTSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 C1orf210-202ENST00000523677 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 H1FNT-201ENST00000335017 1300 ntAPPRIS P1 BASIC29.3■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 CCR12P-201ENST00000446203 998 ntBASIC29.3■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC29.3■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC29.3■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 AKTIP-212ENST00000570004 1162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 KTI12-201ENST00000371614 1714 ntAPPRIS P1 BASIC29.3■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 YPEL5-205ENST00000402708 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 ZNF815P-204ENST00000434898 1737 ntBASIC29.3■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 ACAA1-201ENST00000301810 1540 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 ETV2-203ENST00000402764 1487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC29.3■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.3■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC29.29■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 COLCA2-205ENST00000614153 1264 ntTSL 3 BASIC29.29■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 PITPNB-211ENST00000634017 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 AC116562.4-202ENST00000641738 218 ntBASIC29.29■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 AC126773.2-201ENST00000562172 1682 ntTSL 3 BASIC29.29■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 PCCB-208ENST00000468777 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.29■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 TMEM240-201ENST00000378733 718 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC29.29■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 IMMP2L-207ENST00000452895 833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 PSMD9-208ENST00000542602 516 ntTSL 3 BASIC29.29■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 CYP46A1-202ENST00000380228 1597 ntTSL 2 BASIC29.28■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 MRPL2-202ENST00000388752 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 AC005056.1-201ENST00000435932 532 ntTSL 4 BASIC29.28■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 AC063952.2-201ENST00000498792 1227 ntBASIC29.28■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 FAM86C2P-201ENST00000525180 435 ntTSL 4 BASIC29.28■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 BEAN1-202ENST00000536005 1988 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC29.27■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC29.27■■■□□ 2.28
TCOF1Q13428 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.5 ms