Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 MADCAM1-203ENST00000382683 603 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 CXCL12-204ENST00000395793 665 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 MTHFS-202ENST00000559722 948 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 DBN1-210ENST00000512501 1878 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 SELENOF-207ENST00000611507 1785 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 GPR137-204ENST00000438980 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 SLC50A1-201ENST00000303343 1137 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 EMC9-202ENST00000419198 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 PEX16-210ENST00000532681 1639 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 QPCTL-202ENST00000366382 1814 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 YPEL5-205ENST00000402708 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 BCL2L10-201ENST00000260442 1249 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 AC135586.2-201ENST00000537262 567 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 CYSTM1-201ENST00000261811 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL5A3P25940 PDIA5-201ENST00000316218 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 NMRK1-202ENST00000376808 1121 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 AC004771.4-201ENST00000576752 474 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 IRF7-202ENST00000348655 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 PLPP5-202ENST00000422581 853 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 AL162258.2-202ENST00000469931 831 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 MRPL2-208ENST00000489623 570 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 AC079385.1-202ENST00000549203 569 ntTSL 4 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 CR769767.2-201ENST00000622735 460 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 STXBP2-203ENST00000441779 1914 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 YDJC-201ENST00000292778 1351 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 HSD11B1L-205ENST00000422535 730 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 LINC01024-205ENST00000521563 939 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 GPX4-210ENST00000611653 793 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 CKMT1A-202ENST00000413453 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 GAL3ST1-206ENST00000406955 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 MCFD2-203ENST00000409147 671 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 AC026396.1-201ENST00000419388 421 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 GFOD2-207ENST00000602855 819 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 MRPL3-201ENST00000264995 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 METTL5-207ENST00000410097 1370 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 AC036111.1-201ENST00000533973 1582 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 INS-201ENST00000250971 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 PAFAH1B3-201ENST00000262890 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 FIBP-202ENST00000357519 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 SPEG-204ENST00000396689 1274 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 TRAF7-205ENST00000567653 666 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 ABHD17A-204ENST00000590661 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 NDUFV2-AS1-203ENST00000608008 779 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37 ms