Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 ST20-202ENST00000485386 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 TESMIN-209ENST00000544963 1235 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 RAB11B-AS1-201ENST00000593581 1013 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 DDAH2-211ENST00000375787 1330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 AC148477.3-202ENST00000376617 1766 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 CYP46A1-202ENST00000380228 1597 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 MAGI2-AS3-203ENST00000424477 520 ntTSL 4 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 TMEM91-209ENST00000539627 1843 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 ANXA8L1-203ENST00000613703 1874 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 PEX16-210ENST00000532681 1639 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 ZNF667-AS1-206ENST00000591797 535 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 ACY1-215ENST00000636358 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 ETS1-207ENST00000531611 2134 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 AC005056.1-201ENST00000435932 532 ntTSL 4 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 ATP5G1P1-201ENST00000448724 379 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 TPM1-226ENST00000560959 925 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 CYB561D2-210ENST00000607121 1004 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 RTBDN-201ENST00000322912 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 KRT8P11-201ENST00000409686 1436 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 FAM131A-204ENST00000418281 1664 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 TXNRD3-205ENST00000640797 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 AC104417.2-201ENST00000562989 1793 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 NDUFA10-214ENST00000620965 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 MLF2-202ENST00000435120 1379 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 H1FNT-201ENST00000335017 1300 ntAPPRIS P1 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 GPR6-201ENST00000275169 1089 ntAPPRIS P1 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 PRSS44-201ENST00000515154 1146 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 SCGB3A1-201ENST00000292641 521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 CCK-201ENST00000334681 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 GXYLT1P6-201ENST00000456472 1187 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 FAM86C2P-201ENST00000525180 435 ntTSL 4 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 GPX4-207ENST00000589115 812 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
TRIM28Q13263 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM28Q13263 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM28Q13263 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM28Q13263 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.5 ms