Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG3P49916 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG3P49916 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG3P49916 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG3P49916 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG3P49916 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG3P49916 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG3P49916 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG3P49916 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG3P49916 RBL2-201ENST00000262133 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG3P49916 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG3P49916 WDR90-201ENST00000293879 5488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG3P49916 ZYG11A-203ENST00000612017 3682 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG3P49916 BEGAIN-211ENST00000637646 2911 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG3P49916 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIG3P49916 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG3P49916 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG3P49916 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG3P49916 TUBGCP3-202ENST00000375669 2723 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG3P49916 VAV1-210ENST00000602142 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG3P49916 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG3P49916 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG3P49916 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG3P49916 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG3P49916 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG3P49916 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG3P49916 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG3P49916 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG3P49916 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG3P49916 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG3P49916 TACSTD2-201ENST00000371225 2351 ntAPPRIS P1 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG3P49916 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG3P49916 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG3P49916 NAA35-201ENST00000361671 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG3P49916 PPM1G-201ENST00000344034 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG3P49916 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIG3P49916 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG3P49916 LGI2-201ENST00000382114 6428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG3P49916 SPNS1-204ENST00000352260 1948 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG3P49916 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG3P49916 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG3P49916 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG3P49916 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG3P49916 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG3P49916 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG3P49916 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG3P49916 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG3P49916 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG3P49916 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG3P49916 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG3P49916 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG3P49916 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG3P49916 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG3P49916 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG3P49916 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG3P49916 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG3P49916 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG3P49916 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG3P49916 MEN1-209ENST00000394376 3034 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG3P49916 SYT3-206ENST00000600079 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG3P49916 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG3P49916 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG3P49916 MAFK-201ENST00000343242 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG3P49916 RILPL2-201ENST00000280571 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG3P49916 CPSF3-201ENST00000238112 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIG3P49916 THOP1-201ENST00000307741 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG3P49916 CALM3-201ENST00000291295 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG3P49916 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG3P49916 AC018470.1-201ENST00000624790 3129 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG3P49916 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG3P49916 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG3P49916 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG3P49916 MCTP1-218ENST00000515393 5396 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG3P49916 ATP2A2-201ENST00000308664 4453 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG3P49916 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG3P49916 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG3P49916 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG3P49916 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG3P49916 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG3P49916 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG3P49916 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG3P49916 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG3P49916 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG3P49916 MAP3K6-207ENST00000493901 4309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG3P49916 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG3P49916 MEN1-208ENST00000394374 3155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG3P49916 BEAN1-202ENST00000536005 1988 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG3P49916 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIG3P49916 B3GNT9-201ENST00000449549 2917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIG3P49916 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIG3P49916 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIG3P49916 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIG3P49916 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIG3P49916 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIG3P49916 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIG3P49916 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIG3P49916 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
LIG3P49916 ASPRV1-201ENST00000320256 2177 ntAPPRIS P1 BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIG3P49916 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
LIG3P49916 FBLN7-202ENST00000331203 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.3 ms