Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 TMTC1-203ENST00000539277 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 AC138696.1-201ENST00000522452 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 PHKA1-204ENST00000373545 6173 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 TMEM230-207ENST00000379286 1735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 CACNA1I-204ENST00000407673 5952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 AC010531.1-201ENST00000568879 953 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 WISP2-202ENST00000372865 1518 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 AC103855.2-201ENST00000533315 573 ntTSL 4 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 AC011445.1-201ENST00000601911 877 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 TMEM235-202ENST00000421688 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 LENG9-203ENST00000611161 1916 ntAPPRIS P1 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 EIF2B1-204ENST00000537073 1768 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRERF1Q96PN7 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
TRERF1Q96PN7 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
TRERF1Q96PN7 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRERF1Q96PN7 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
TRERF1Q96PN7 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRERF1Q96PN7 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRERF1Q96PN7 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRERF1Q96PN7 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRERF1Q96PN7 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
TRERF1Q96PN7 AC004803.1-203ENST00000539259 501 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRERF1Q96PN7 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRERF1Q96PN7 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRERF1Q96PN7 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRERF1Q96PN7 AL445675.2-201ENST00000620291 557 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
TRERF1Q96PN7 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
TRERF1Q96PN7 GTF3A-201ENST00000381140 1383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRERF1Q96PN7 BX119927.1-201ENST00000636596 1552 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
TRERF1Q96PN7 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRERF1Q96PN7 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRERF1Q96PN7 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRERF1Q96PN7 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRERF1Q96PN7 MBD3-207ENST00000590550 2782 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRERF1Q96PN7 CAPN1-226ENST00000533820 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRERF1Q96PN7 CDKN2C-201ENST00000262662 2904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRERF1Q96PN7 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRERF1Q96PN7 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRERF1Q96PN7 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRERF1Q96PN7 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRERF1Q96PN7 QKI-201ENST00000275262 6964 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TRERF1Q96PN7 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TRERF1Q96PN7 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TRERF1Q96PN7 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TRERF1Q96PN7 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.1 ms