Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 KCTD2-201ENST00000322444 3635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 SLC31A2-201ENST00000259392 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 DCLK2-207ENST00000635524 2153 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 ZNF821-221ENST00000611294 1833 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.03
CCDC112Q8NEF3 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 SAMD5-201ENST00000367474 6089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 SEPT9-246ENST00000592951 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 COQ10B-201ENST00000263960 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 P2RY6-203ENST00000393591 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 AVPR1A-201ENST00000299178 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 AL133373.2-201ENST00000623187 2828 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 PPP1R3F-202ENST00000376188 2443 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 GRK6-201ENST00000355472 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 LRRC4B-202ENST00000599957 3019 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 KLHL23-201ENST00000272797 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 AC068446.2-201ENST00000500487 2165 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 LONRF1-208ENST00000533751 3043 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 AL139099.2-201ENST00000555043 2469 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 NOV-201ENST00000259526 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 TUBA3FP-202ENST00000422086 1974 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 REEP2-201ENST00000254901 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 FGFR3-202ENST00000340107 4293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 COMP-202ENST00000425807 2292 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 KIF1BP-204ENST00000626493 2337 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 SYBU-232ENST00000533171 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 DCST1-204ENST00000423025 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 AC135050.7-201ENST00000624508 2218 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 MSL1-202ENST00000398532 4707 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 CCND3-204ENST00000414200 1724 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 ZNF865-201ENST00000568956 4005 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 SLC9A6-201ENST00000370695 4725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 KAZN-203ENST00000376030 6030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 ANKRD2-202ENST00000307518 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 SPAG9-202ENST00000357122 4761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 EMX2-201ENST00000442245 2710 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 DHRS3-204ENST00000616661 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 BEGAIN-202ENST00000443071 2744 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 RNF157-201ENST00000269391 4955 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms