Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Cdkn2c-202ENSMUST00000097921 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Lire1P11260 Kcnq5-201ENSMUST00000029667 6562 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
Lire1P11260 Tcf4-246ENSMUST00000202116 2986 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Lire1P11260 Gm26508-201ENSMUST00000181285 1516 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
Lire1P11260 4930577N17Rik-201ENSMUST00000139771 1625 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
Lire1P11260 Nkain2-201ENSMUST00000092602 558 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
Lire1P11260 Pfdn2-202ENSMUST00000135941 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Lire1P11260 A530058N18Rik-208ENSMUST00000131299 1387 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
Lire1P11260 Hdgf-201ENSMUST00000005017 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Lire1P11260 Bckdhb-206ENSMUST00000190637 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Lire1P11260 Triobp-206ENSMUST00000130663 1660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
Lire1P11260 Rmnd5a-201ENSMUST00000002292 6165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Lire1P11260 Ttc19-202ENSMUST00000101075 2193 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Lire1P11260 Dyrk2-201ENSMUST00000004281 6129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Lire1P11260 Rheb-201ENSMUST00000030787 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Lire1P11260 1700084E18Rik-202ENSMUST00000205624 729 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
Lire1P11260 Hspb1-202ENSMUST00000111155 930 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Lire1P11260 Aebp2-203ENSMUST00000095350 2575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Lire1P11260 Ubp1-203ENSMUST00000116492 2111 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Lire1P11260 Peg12-201ENSMUST00000094339 2640 ntAPPRIS P1 BASIC21.78■■□□□ 1.08
Lire1P11260 Gm7432-201ENSMUST00000210343 879 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
Lire1P11260 Clptm1l-201ENSMUST00000022102 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Lire1P11260 Gm20402-201ENSMUST00000174738 687 ntTSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
Lire1P11260 AC163623.1-201ENSMUST00000213738 727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
Lire1P11260 Iglon5-201ENSMUST00000107974 2622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Lire1P11260 Htra3-201ENSMUST00000087629 2750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Lire1P11260 Rcan1-202ENSMUST00000060005 2324 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
Lire1P11260 Glrx2-205ENSMUST00000145571 758 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
Lire1P11260 Gm11529-201ENSMUST00000153012 639 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Lire1P11260 Ildr2-205ENSMUST00000193860 2320 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Lire1P11260 Tada2b-202ENSMUST00000119916 1321 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
Lire1P11260 E2f6-201ENSMUST00000020908 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Lire1P11260 St3gal2-202ENSMUST00000117534 2177 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Lire1P11260 Phlda3-201ENSMUST00000038945 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Lire1P11260 Efemp2-201ENSMUST00000070118 1781 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Lire1P11260 Smarcc1-201ENSMUST00000088716 5717 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Lire1P11260 Gfra4-203ENSMUST00000110234 600 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Lire1P11260 Gfra4-204ENSMUST00000110235 573 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Lire1P11260 Hoxb3-202ENSMUST00000093944 3190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
Lire1P11260 Cic-202ENSMUST00000163320 6096 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Lire1P11260 Cic-201ENSMUST00000005578 6099 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
Lire1P11260 Foxe1-201ENSMUST00000095097 2804 ntAPPRIS P1 BASIC21.74■■□□□ 1.07
Lire1P11260 Rpsa-204ENSMUST00000217317 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Lire1P11260 Bckdhb-201ENSMUST00000034801 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Lire1P11260 Amigo1-203ENSMUST00000106659 1360 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Lire1P11260 Syndig1l-201ENSMUST00000095550 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Lire1P11260 Dpf1-204ENSMUST00000108231 2040 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
Lire1P11260 Zcchc14-201ENSMUST00000046386 7444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Lire1P11260 March9-201ENSMUST00000040307 3037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Lire1P11260 Nr2f6-201ENSMUST00000002466 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Lire1P11260 Taf4-201ENSMUST00000041618 4416 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Lire1P11260 5730480H06Rik-201ENSMUST00000030968 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Lire1P11260 Bcl7b-202ENSMUST00000111187 564 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Lire1P11260 Rbms1-202ENSMUST00000112509 1806 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Lire1P11260 Ccsap-202ENSMUST00000122421 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Lire1P11260 Nhlrc1-201ENSMUST00000052747 2294 ntAPPRIS P1 BASIC21.71■■□□□ 1.07
Lire1P11260 1110065P20Rik-201ENSMUST00000106190 968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
Lire1P11260 Smarcad1-211ENSMUST00000204696 734 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
Lire1P11260 A530058N18Rik-203ENSMUST00000135729 1405 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
Lire1P11260 Ppp4c-211ENSMUST00000206570 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
Lire1P11260 Pou4f1-201ENSMUST00000053016 4445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
Lire1P11260 Tbx1-201ENSMUST00000009241 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Lire1P11260 Rnf19b-206ENSMUST00000168461 2532 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
Lire1P11260 Pcbd2-201ENSMUST00000021958 544 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Lire1P11260 Sugct-202ENSMUST00000220514 1351 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Lire1P11260 Popdc3-201ENSMUST00000019994 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Lire1P11260 Neurog2-201ENSMUST00000029587 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Lire1P11260 Fkbp8-202ENSMUST00000119353 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Lire1P11260 Ubac1-201ENSMUST00000036509 1852 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Lire1P11260 Dcaf15-202ENSMUST00000210279 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Lire1P11260 Rbm17-201ENSMUST00000040314 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Lire1P11260 Pm20d2-201ENSMUST00000098181 1445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
Lire1P11260 Endog-201ENSMUST00000015481 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Lire1P11260 Bcl11b-202ENSMUST00000109887 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Lire1P11260 Dtnb-211ENSMUST00000173240 2218 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
Lire1P11260 Rab21-201ENSMUST00000020343 4602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Lire1P11260 Cadm1-202ENSMUST00000085909 2126 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Lire1P11260 Cacfd1-203ENSMUST00000114005 1286 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Lire1P11260 Wnt2-201ENSMUST00000010941 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Lire1P11260 Qk-202ENSMUST00000097414 4658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Lire1P11260 Rundc3a-204ENSMUST00000107105 1861 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Lire1P11260 1700003F12Rik-202ENSMUST00000109709 704 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
Lire1P11260 Iscu-203ENSMUST00000112312 1116 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
Lire1P11260 Clk2-203ENSMUST00000121931 2112 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
Lire1P11260 Osbpl1a-209ENSMUST00000122175 1203 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Lire1P11260 1700003F12Rik-201ENSMUST00000045116 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Lire1P11260 Ccdc50-202ENSMUST00000096127 1096 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Lire1P11260 Foxa2-202ENSMUST00000109964 2070 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Lire1P11260 Kcnc3-201ENSMUST00000107906 5062 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Lire1P11260 Foxn3-209ENSMUST00000177451 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Lire1P11260 4921531C22Rik-201ENSMUST00000150145 1905 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Lire1P11260 Brwd1-203ENSMUST00000113827 2382 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Lire1P11260 Clk2-201ENSMUST00000090927 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Lire1P11260 Otud5-205ENSMUST00000115668 2543 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Lire1P11260 Gm17494-201ENSMUST00000072769 1800 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Lire1P11260 Fgf20-201ENSMUST00000034014 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Lire1P11260 Zmynd12-201ENSMUST00000094819 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Lire1P11260 Fam241a-201ENSMUST00000057198 1607 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Lire1P11260 Smad2-202ENSMUST00000091831 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Lire1P11260 Dda1-209ENSMUST00000147642 1865 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 62.2 ms