Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 ACY1-215ENST00000636358 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 TPD52-209ENST00000518937 2856 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 LINC02361-201ENST00000538731 1484 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 CELF6-205ENST00000567083 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 FOSL1-204ENST00000532401 1132 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 SLC11A2-208ENST00000546743 1740 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN3AQ9NY46 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 DHRS3-204ENST00000616661 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC18.52■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 RGS11-204ENST00000397770 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 AKNA-205ENST00000374079 2138 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 ZNF821-221ENST00000611294 1833 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 TMEM175-220ENST00000515740 1514 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 GLI4-202ENST00000344692 1012 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 C14orf79-202ENST00000547315 2370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 RPS2P55-201ENST00000397318 883 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 AC107956.1-201ENST00000494359 873 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22 ms