Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUW8

TDP1, Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1, humanhuman

Predictions only

Length 608 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TDP1Q9NUW8 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
TDP1Q9NUW8 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
TDP1Q9NUW8 ACTR3B-203ENST00000397282 1692 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
TDP1Q9NUW8 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
TDP1Q9NUW8 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
TDP1Q9NUW8 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
TDP1Q9NUW8 POC1A-202ENST00000394970 1999 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
TDP1Q9NUW8 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
TDP1Q9NUW8 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
TDP1Q9NUW8 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
TDP1Q9NUW8 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
TDP1Q9NUW8 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
TDP1Q9NUW8 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
TDP1Q9NUW8 MAGI2-AS3-203ENST00000424477 520 ntTSL 4 BASIC20.15■□□□□ 0.82
TDP1Q9NUW8 AC103564.1-201ENST00000437330 562 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
TDP1Q9NUW8 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC20.15■□□□□ 0.82
TDP1Q9NUW8 ST20-202ENST00000485386 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
TDP1Q9NUW8 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
TDP1Q9NUW8 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
TDP1Q9NUW8 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
TDP1Q9NUW8 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
TDP1Q9NUW8 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
TDP1Q9NUW8 KCNIP4-206ENST00000447367 1641 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
TDP1Q9NUW8 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
TDP1Q9NUW8 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
TDP1Q9NUW8 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
TDP1Q9NUW8 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
TDP1Q9NUW8 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
TDP1Q9NUW8 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.82
TDP1Q9NUW8 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
TDP1Q9NUW8 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 INSIG1-202ENST00000342407 1127 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 HLA-DRB1-201ENST00000360004 1229 ntAPPRIS P1 BASIC20.14■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 DERL1-203ENST00000419562 918 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 AL035541.1-201ENST00000424850 823 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 HAGLR-204ENST00000425005 623 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 AL160286.2-201ENST00000567150 934 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 SYT15-205ENST00000503753 1331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 HIST1H2APS4-201ENST00000362070 348 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 NOL7-202ENST00000451315 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 RMI2-205ENST00000576027 818 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 ZNF667-AS1-208ENST00000594783 475 ntTSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC20.13■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 ASNS-206ENST00000437628 1638 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 SERPINH1-212ENST00000530284 1358 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 DCTN3-209ENST00000477738 713 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.12■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 SCPEP1-216ENST00000631024 444 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 AC116562.4-202ENST00000641738 218 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 BCS1L-201ENST00000359273 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 SLC25A1P2-201ENST00000430693 912 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 CCR12P-201ENST00000446203 998 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 LMCD1-AS1-204ENST00000446281 932 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
TDP1Q9NUW8 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.3 ms