Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 SARDH-201ENST00000298628 1484 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 CENPA-201ENST00000233505 1299 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 GGCT-202ENST00000275428 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 AGTRAP-201ENST00000314340 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 TPM4P1-201ENST00000436100 807 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 AC091153.3-201ENST00000497885 472 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 REEP1-207ENST00000535845 1196 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 KRT126P-201ENST00000549467 1181 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 TMEM249-203ENST00000565365 975 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 LINC01238-205ENST00000567549 1107 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 RNASET2-213ENST00000611959 1124 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 TMEM175-220ENST00000515740 1514 ntTSL 3 BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 NAA50-209ENST00000497525 1385 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 TSPY5P-201ENST00000426936 936 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 AC012618.3-202ENST00000440004 472 ntTSL 4 BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 AL441883.1-201ENST00000566170 1045 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 CHRNB1-207ENST00000575379 1095 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 AC006504.5-207ENST00000586220 487 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 AC004951.3-201ENST00000418645 1148 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 AC037459.1-202ENST00000430850 531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 LINC01293-201ENST00000453951 1266 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 AC098864.1-204ENST00000513752 805 ntTSL 4 BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 CD81-212ENST00000526072 1172 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 C17orf49-208ENST00000552402 760 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 C22orf39-205ENST00000542103 1523 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 NDUFA10-214ENST00000620965 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 POC1A-202ENST00000394970 1999 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 KRTCAP3-201ENST00000288873 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC19.96■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 SMIM19-202ENST00000416469 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 CBR1-203ENST00000439427 1024 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 KCTD7-202ENST00000443322 1160 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 COX11P1-201ENST00000489116 835 ntBASIC19.96■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 GRP-204ENST00000529320 824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 BIRC5-207ENST00000590449 568 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 AC116407.4-201ENST00000623319 1061 ntBASIC19.96■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
COL4A3Q01955 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
COL4A3Q01955 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
COL4A3Q01955 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC19.95■□□□□ 0.78
COL4A3Q01955 HCG4P8-203ENST00000443049 980 ntBASIC19.95■□□□□ 0.78
COL4A3Q01955 AC002467.1-201ENST00000457510 657 ntTSL 3 BASIC19.95■□□□□ 0.78
COL4A3Q01955 PSMD8-202ENST00000585598 541 ntTSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
COL4A3Q01955 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
COL4A3Q01955 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
COL4A3Q01955 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
COL4A3Q01955 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
COL4A3Q01955 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
COL4A3Q01955 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC19.95■□□□□ 0.78
COL4A3Q01955 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
COL4A3Q01955 DGCR6L-201ENST00000248879 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
COL4A3Q01955 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
COL4A3Q01955 DDRGK1-202ENST00000380201 1128 ntTSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
COL4A3Q01955 TLCD1-202ENST00000394933 784 ntTSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
COL4A3Q01955 CHCHD3-203ENST00000448878 1038 ntTSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
COL4A3Q01955 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC19.94■□□□□ 0.78
COL4A3Q01955 AP003501.2-201ENST00000524433 477 ntTSL 4 BASIC19.94■□□□□ 0.78
COL4A3Q01955 DCTN5-208ENST00000568589 772 ntTSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
COL4A3Q01955 ELAC2-212ENST00000578071 579 ntTSL 4 BASIC19.94■□□□□ 0.78
COL4A3Q01955 C1QTNF8-202ENST00000621771 897 ntTSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
COL4A3Q01955 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 123 ms