Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 JPT1-203ENST00000409753 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 CABP1-201ENST00000288616 1369 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 METTL5-207ENST00000410097 1370 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 EDEM1-204ENST00000445686 1363 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 AC004870.1-201ENST00000315132 882 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 GNG5-202ENST00000370645 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 TRPT1-203ENST00000394547 865 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 AP003501.2-201ENST00000524433 477 ntTSL 4 BASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 MMAB-204ENST00000537236 1342 ntTSL 3 BASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 S100A14-201ENST00000344616 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 ST6GALNAC4P1-201ENST00000435385 499 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 CR769775.1-204ENST00000439760 747 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 LINC01024-205ENST00000521563 939 ntTSL 3 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 MRPL46-202ENST00000558531 1002 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 REXO2-220ENST00000611665 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 AC006538.3-201ENST00000612495 578 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC26.08■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 KRT8P10-201ENST00000450021 1447 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 Telomerase-vert.1-201ENST00000363312 438 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 AL451069.1-201ENST00000455414 634 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 NTF4-201ENST00000593537 932 ntAPPRIS P1 BASIC26.08■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 AC023511.2-201ENST00000618803 211 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 FN3KRP-201ENST00000269373 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CCDC9Q9Y3X0 GTPBP8-208ENST00000619116 1378 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 C6orf136-203ENST00000376473 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 TMEM234-202ENST00000344461 721 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 DIO1-206ENST00000525202 558 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 AC111152.3-201ENST00000569699 673 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 TYROBP-205ENST00000585901 620 ntTSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 AC022154.1-201ENST00000600303 766 ntTSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 AC008878.4-201ENST00000602083 293 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 CR769767.2-201ENST00000622735 460 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 KRT8P45-201ENST00000414328 1447 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 NAPA-210ENST00000595227 1460 ntTSL 3 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 KRTAP5-10-201ENST00000398531 1176 ntAPPRIS P1 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 DERL1-203ENST00000419562 918 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 FAM86C2P-201ENST00000525180 435 ntTSL 4 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 CENPS-CORT-205ENST00000602787 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 METTL23-215ENST00000615984 1171 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 HLA-G-205ENST00000428701 1578 ntAPPRIS P2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 SNHG10-201ENST00000500370 1531 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 AP000593.1-201ENST00000393668 712 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 MRPL53-202ENST00000409710 386 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.7 ms