Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 HCN1-202ENST00000634658 4738 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 COQ10B-203ENST00000409398 879 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 HYAL3-203ENST00000415204 959 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 PACRGL-207ENST00000502938 810 ntTSL 4 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 ITPKB-203ENST00000429204 6162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 C17orf62-230ENST00000583617 866 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 RBPJL-203ENST00000372743 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 HCG18-235ENST00000426882 4862 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 KRT16P1-201ENST00000399124 1418 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 AC004816.2-201ENST00000622856 284 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 GPR50-AS1-201ENST00000454196 1620 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.51
CHMP3Q9Y3E7 GTF3A-201ENST00000381140 1383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 GDAP1L1-202ENST00000372952 722 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 AL590094.1-202ENST00000634619 1131 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 ISLR2-202ENST00000419208 2306 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 FUOM-203ENST00000368552 762 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 RAMP1-204ENST00000409726 734 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 OGG1-204ENST00000339511 1815 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 CELF6-205ENST00000567083 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.6 ms