Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 ME2-218ENST00000640965 2476 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 MRPL2-202ENST00000388752 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 MFSD4A-206ENST00000489709 1136 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 CXXC5-AS1-201ENST00000514287 577 ntTSL 4 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 WDR41-208ENST00000507029 1553 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 POC1A-202ENST00000394970 1999 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 LHX3-202ENST00000371748 2365 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 LGALS9C-209ENST00000581545 1378 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 P4HB-203ENST00000439918 1502 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 ZNF821-221ENST00000611294 1833 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 PRSS3-201ENST00000342836 1144 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 PSEN1-203ENST00000394157 1249 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 PPP1R14BP5-201ENST00000440334 435 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 AC004816.2-201ENST00000622856 284 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 AC125437.2-201ENST00000625180 2167 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 ZNF326-202ENST00000361911 1538 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 IL15-208ENST00000529613 1355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 AC011445.1-201ENST00000601911 877 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 KRT16P1-201ENST00000399124 1418 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 TMEM91-209ENST00000539627 1843 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 SLC11A2-208ENST00000546743 1740 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 GLB1-201ENST00000307363 2616 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 C11orf49-201ENST00000278460 1645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SMARCA1P28370 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.3 ms