Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 TPM4P1-201ENST00000436100 807 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 NPM2-204ENST00000518119 1190 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 MOK-234ENST00000524370 1165 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 AL133352.1-203ENST00000557395 1234 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 SCO2-202ENST00000395693 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 RNF152P1-201ENST00000397754 604 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 ULK4P3-205ENST00000568486 1158 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 DOC2A-209ENST00000564979 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 TRAK2-202ENST00000430254 1436 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 AC004980.1-204ENST00000429707 299 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 CYB561D2-210ENST00000607121 1004 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 CROCCP4-202ENST00000633627 573 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 PTGES2-214ENST00000617202 1344 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMD1Q9UGP4 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 AL596442.1-201ENST00000429305 429 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 AC012618.3-202ENST00000440004 472 ntTSL 4 BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 AP006284.1-202ENST00000527113 527 ntTSL 4 BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 AC130371.2-201ENST00000619443 611 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 AC027682.6-202ENST00000621378 795 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 KRT8P17-201ENST00000453110 1448 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 HIST1H2APS4-201ENST00000362070 348 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 AC007563.2-201ENST00000447289 552 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 CYGB-204ENST00000589342 815 ntTSL 3 BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 AL138966.2-201ENST00000621997 464 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 RBPJL-203ENST00000372743 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMD1Q9UGP4 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54 ms