Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 CYB561-213ENST00000581573 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 DBN1-210ENST00000512501 1878 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 KLC2-204ENST00000394067 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 SARDH-201ENST00000298628 1484 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 BCS1L-201ENST00000359273 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 HSD3B7-202ENST00000297679 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 FBXL17-205ENST00000542267 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 FAM3A-215ENST00000447601 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 AC008105.1-201ENST00000587534 2003 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 CENPS-CORT-202ENST00000465026 494 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 CENPS-CORT-203ENST00000470413 626 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 GDAP1L1-202ENST00000372952 722 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CCDC140Q96MF4 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.1 ms