Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 RASGRP2-205ENST00000377489 583 ntTSL 3 BASIC26.13■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC26.13■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 CYGB-204ENST00000589342 815 ntTSL 3 BASIC26.13■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 TRIM73-205ENST00000450434 1425 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.12■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 GEMIN7-203ENST00000591607 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.12■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 ZNF667-AS1-208ENST00000594783 475 ntTSL 3 BASIC26.12■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 ASNS-206ENST00000437628 1638 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 FN3KRP-201ENST00000269373 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC26.11■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC26.1■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 AL138966.2-201ENST00000621997 464 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 SGCE-207ENST00000447873 1597 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 SLC35A2-217ENST00000635589 1424 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC26.09■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 ZNF32-201ENST00000374433 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 AC117947.1-201ENST00000427448 529 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 BX664615.1-201ENST00000443558 458 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC26.09■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 AC008763.3-201ENST00000597959 777 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.09■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC26.08■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 PSEN1-203ENST00000394157 1249 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 POLR2D-202ENST00000409698 806 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 NME1-207ENST00000480143 964 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 AC116562.4-202ENST00000641738 218 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 ZIC4-209ENST00000473123 1481 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 OGG1-204ENST00000339511 1815 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 AK4P3-201ENST00000418260 669 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 SLC25A1P2-201ENST00000430693 912 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 AC007663.1-201ENST00000438948 1240 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 AC087388.1-201ENST00000571370 1112 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
HOXC9P31274 AC092338.2-201ENST00000568827 1415 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.3 ms