Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 COQ10B-203ENST00000409398 879 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 AL365259.1-203ENST00000451660 707 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 SLC25A1P4-201ENST00000567977 778 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 ZNF599-203ENST00000588760 948 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 AC008040.2-201ENST00000461049 708 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 AC004080.2-201ENST00000523331 556 ntTSL 4 BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 ANKRD34C-AS1-203ENST00000559225 528 ntTSL 4 BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 INSL3-202ENST00000379695 899 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 IMMP2L-207ENST00000452895 833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 GRAMD4P8-201ENST00000605465 1115 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 AL138966.2-201ENST00000621997 464 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 WISP2-202ENST00000372865 1518 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 HLX-201ENST00000366903 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 MTMR9LP-202ENST00000423995 1878 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 KLK14-201ENST00000156499 1060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 COPE-203ENST00000351079 907 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 LINC00421-201ENST00000413833 1054 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 AL359075.1-203ENST00000462729 1002 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 AC027682.6-202ENST00000621378 795 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 PRLHR-202ENST00000636925 1275 ntAPPRIS P1 BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 ISCA1-202ENST00000326094 1264 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 AC128688.1-201ENST00000487626 519 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
COL4A3Q01955 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 ACTR3B-203ENST00000397282 1692 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 RABAC1-201ENST00000222008 821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.8 ms