Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 AC063952.2-201ENST00000498792 1227 ntBASIC26.44■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC26.44■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 NUBP2-201ENST00000262302 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 SMTN-204ENST00000404574 1735 ntTSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 RASGRP2-205ENST00000377489 583 ntTSL 3 BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 ICAM1-202ENST00000423829 1296 ntTSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 AL365259.1-203ENST00000451660 707 ntTSL 3 BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 GOLGA2P7-203ENST00000557881 896 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 GOLGA2P10-205ENST00000618267 983 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 PITPNB-211ENST00000634017 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 AL590326.2-201ENST00000625139 305 ntBASIC26.42■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 KCNIP4-206ENST00000447367 1641 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 AC117947.1-201ENST00000427448 529 ntBASIC26.41■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 AC007663.1-201ENST00000438948 1240 ntBASIC26.41■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 AC006504.5-207ENST00000586220 487 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 ZNF667-AS1-208ENST00000594783 475 ntTSL 3 BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 ACTR3B-203ENST00000397282 1692 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 AC007563.2-201ENST00000447289 552 ntTSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 AC008040.2-201ENST00000461049 708 ntBASIC26.41■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 RMI2-205ENST00000576027 818 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 AC010653.2-201ENST00000623505 997 ntBASIC26.41■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 KHDC1-201ENST00000257765 1134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC26.4■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 KHDC1-207ENST00000610435 1101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC26.39■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC26.39■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 NME1-207ENST00000480143 964 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 TESMIN-209ENST00000544963 1235 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 AL138966.2-201ENST00000621997 464 ntBASIC26.39■■□□□ 1.82
USP54Q70EL1 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
USP54Q70EL1 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
USP54Q70EL1 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
USP54Q70EL1 ZIC4-209ENST00000473123 1481 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.81
USP54Q70EL1 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP54Q70EL1 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP54Q70EL1 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP54Q70EL1 PTGES2-214ENST00000617202 1344 ntTSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP54Q70EL1 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP54Q70EL1 FAM212A-201ENST00000333323 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP54Q70EL1 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP54Q70EL1 GXYLT1P6-201ENST00000456472 1187 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
USP54Q70EL1 AC091153.3-201ENST00000497885 472 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP54Q70EL1 AC008763.3-201ENST00000597959 777 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP54Q70EL1 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP54Q70EL1 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP54Q70EL1 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP54Q70EL1 P4HB-203ENST00000439918 1502 ntTSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP54Q70EL1 HLX-201ENST00000366903 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP54Q70EL1 H1FNT-201ENST00000335017 1300 ntAPPRIS P1 BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP54Q70EL1 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP54Q70EL1 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP54Q70EL1 DERL1-203ENST00000419562 918 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP54Q70EL1 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC26.38■■□□□ 1.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.1 ms