Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 BPTF-201ENST00000306378 9688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 BRSK2-215ENST00000544817 1842 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 SLC9A6-202ENST00000370698 4631 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 CNTNAP3B-202ENST00000341990 2666 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 SUDS3-204ENST00000543473 4897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 AC116351.2-201ENST00000606540 1585 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 ACY1-215ENST00000636358 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 RIMKLB-202ENST00000357529 5830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 EPOR-208ENST00000592375 2086 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 ADCY5-202ENST00000462833 7311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 NBPF9-209ENST00000621645 5632 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
SYNE3Q6ZMZ3 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SYNE3Q6ZMZ3 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SYNE3Q6ZMZ3 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.4 ms