Protein–RNA interactions for Protein: Q06945

SOX4, Transcription factor SOX-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX4Q06945 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 TMEM179-206ENST00000616017 1645 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 AL158151.1-201ENST00000372490 2047 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 PRSS3-201ENST00000342836 1144 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 ATP6V0E1-204ENST00000519911 718 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 AC016582.3-201ENST00000589653 561 ntTSL 4 BASIC21.13■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC21.12■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 RBPJL-203ENST00000372743 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC21.12■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 TNFRSF12A-206ENST00000575124 1133 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC21.11■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 FUOM-203ENST00000368552 762 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 AC093752.1-201ENST00000511950 605 ntTSL 4 BASIC21.11■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 AC011445.1-201ENST00000601911 877 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 AL590094.1-202ENST00000634619 1131 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 KRT16P1-201ENST00000399124 1418 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 ABBA01031674.1-201ENST00000635145 728 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 ADCYAP1-202ENST00000450565 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 PACRGL-207ENST00000502938 810 ntTSL 4 BASIC21.09■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 CROCCP4-202ENST00000633627 573 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SOX4Q06945 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 92.4 ms