Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 RTBDN-201ENST00000322912 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 GPM6B-204ENST00000398361 1033 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 AK4P3-201ENST00000418260 669 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 NMU-205ENST00000511469 756 ntTSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 AC022616.7-201ENST00000525383 220 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 SSSCA1-206ENST00000531405 879 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 PSMD9-208ENST00000542602 516 ntTSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 AC132938.3-201ENST00000579095 357 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 TRIM73-205ENST00000450434 1425 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 ST6GALNAC6-215ENST00000542456 2018 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 ZNF326-202ENST00000361911 1538 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 GPHA2-202ENST00000532246 466 ntTSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 C14orf180-201ENST00000331952 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 GUCA1B-201ENST00000230361 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 RHEBL1-201ENST00000301068 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 EEF1D-202ENST00000395119 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 AC004951.3-201ENST00000418645 1148 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 AC003982.1-201ENST00000477404 484 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 AC063952.2-201ENST00000498792 1227 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 FAM53C-211ENST00000513056 923 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 CYGB-204ENST00000589342 815 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 OGFOD2-222ENST00000545317 1481 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 GPRIN2-201ENST00000374314 1696 ntAPPRIS P1 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 IL17RC-202ENST00000383812 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 MINOS1-NBL1-204ENST00000602662 1623 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 AC012414.5-201ENST00000564214 1602 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 HIST1H2APS4-201ENST00000362070 348 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 ZNF32-201ENST00000374433 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 AC117947.1-201ENST00000427448 529 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 PTPA-216ENST00000432651 857 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 MFAP1P1-201ENST00000442257 1255 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 CYB561-214ENST00000582034 1193 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 TMEM25-203ENST00000354284 1456 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 AC096733.2-201ENST00000609937 1394 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 AC091153.3-201ENST00000497885 472 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC87Q9NVE4 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.3 ms