Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 ZNF771-202ENST00000434417 1454 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 GTPBP3-222ENST00000600625 2493 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 IP6K1-204ENST00000468463 1815 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 ZNF821-221ENST00000611294 1833 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 ADORA2A-201ENST00000337539 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 VAV1-201ENST00000304076 2825 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 ZNF346-209ENST00000512315 1575 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 EEF1A2-201ENST00000217182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 BRAF-201ENST00000288602 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 FBXO24-201ENST00000241071 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 AC129492.1-201ENST00000399413 1804 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP28Q96RU2 MATN4-202ENST00000360607 2127 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 LAPTM4B-204ENST00000619747 2758 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 PAFAH1B2-202ENST00000419197 2517 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 EEF1D-225ENST00000529272 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 DMWD-201ENST00000270223 3305 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 LDHAL6A-202ENST00000396213 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 DHRS3-204ENST00000616661 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 DUT-202ENST00000455976 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 PLK5-201ENST00000334770 2106 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 PRDM11-201ENST00000424263 1858 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 ILDR2-203ENST00000469934 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 MXD3-202ENST00000427908 2269 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 RHOT2-201ENST00000315082 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 CDK17-203ENST00000543119 2442 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 ISLR2-202ENST00000419208 2306 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 TMEM230-207ENST00000379286 1735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 AGPAT5-201ENST00000285518 3685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 ZNF582-207ENST00000619584 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 AL032819.2-201ENST00000624543 2162 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 GPR146-201ENST00000397095 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 PCDHA4-201ENST00000378125 2328 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 PTGES2-AS1-201ENST00000443493 2100 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 MED15P9-202ENST00000427638 1841 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 C11orf49-201ENST00000278460 1645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 STX17-212ENST00000534052 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 MON1A-202ENST00000417270 2527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 P3H4-201ENST00000355468 2791 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.2 ms