Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 MCC-208ENST00000514701 2855 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
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CHD3Q12873 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 HLX-AS1-201ENST00000552026 563 ntTSL 4 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CHD3Q12873 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC16.96■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC16.96■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC16.96■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 CNTNAP3B-202ENST00000341990 2666 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
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