Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 ADGRD1-AS1-202ENST00000542980 1277 ntTSL 4 BASIC33.33■■■□□ 2.93
CUX1P39880 CYB561D2-210ENST00000607121 1004 ntTSL 2 BASIC33.33■■■□□ 2.93
CUX1P39880 AC027682.6-202ENST00000621378 795 ntTSL 2 BASIC33.33■■■□□ 2.93
CUX1P39880 MINOS1-NBL1-204ENST00000602662 1623 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.32■■■□□ 2.93
CUX1P39880 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.32■■■□□ 2.93
CUX1P39880 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC33.32■■■□□ 2.92
CUX1P39880 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC33.32■■■□□ 2.92
CUX1P39880 TNNT3-206ENST00000381579 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.32■■■□□ 2.92
CUX1P39880 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.32■■■□□ 2.92
CUX1P39880 RAB6A-207ENST00000541588 758 ntTSL 1 (best) BASIC33.32■■■□□ 2.92
CUX1P39880 PSMD9-208ENST00000542602 516 ntTSL 3 BASIC33.32■■■□□ 2.92
CUX1P39880 UQCR11-201ENST00000585671 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.32■■■□□ 2.92
CUX1P39880 AL023803.3-201ENST00000615559 522 ntBASIC33.32■■■□□ 2.92
CUX1P39880 AC010653.2-201ENST00000623505 997 ntBASIC33.32■■■□□ 2.92
CUX1P39880 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC33.31■■■□□ 2.92
CUX1P39880 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC33.31■■■□□ 2.92
CUX1P39880 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
CUX1P39880 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
CUX1P39880 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
CUX1P39880 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC33.31■■■□□ 2.92
CUX1P39880 KLK14-201ENST00000156499 1060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
CUX1P39880 SPATA22-202ENST00000355380 1216 ntTSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
CUX1P39880 PLCB1-204ENST00000404098 1260 ntTSL 3 BASIC33.31■■■□□ 2.92
CUX1P39880 LINC00421-201ENST00000413833 1054 ntTSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
CUX1P39880 AP003501.2-201ENST00000524433 477 ntTSL 4 BASIC33.31■■■□□ 2.92
CUX1P39880 BVES-AS1-203ENST00000580511 853 ntTSL 5 BASIC33.31■■■□□ 2.92
CUX1P39880 AC008763.3-201ENST00000597959 777 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC33.31■■■□□ 2.92
CUX1P39880 LCE1C-202ENST00000607093 644 ntAPPRIS P2 BASIC33.31■■■□□ 2.92
CUX1P39880 CYB561-205ENST00000542042 1302 ntTSL 2 BASIC33.31■■■□□ 2.92
CUX1P39880 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC33.31■■■□□ 2.92
CUX1P39880 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC33.3■■■□□ 2.92
CUX1P39880 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.3■■■□□ 2.92
CUX1P39880 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC33.3■■■□□ 2.92
CUX1P39880 SLC25A1P2-201ENST00000430693 912 ntBASIC33.3■■■□□ 2.92
CUX1P39880 CYB561-214ENST00000582034 1193 ntTSL 2 BASIC33.3■■■□□ 2.92
CUX1P39880 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.3■■■□□ 2.92
CUX1P39880 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.3■■■□□ 2.92
CUX1P39880 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.3■■■□□ 2.92
CUX1P39880 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC33.29■■■□□ 2.92
CUX1P39880 S100A16-203ENST00000368705 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
CUX1P39880 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
CUX1P39880 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.29■■■□□ 2.92
CUX1P39880 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
CUX1P39880 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.29■■■□□ 2.92
CUX1P39880 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.29■■■□□ 2.92
CUX1P39880 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
CUX1P39880 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.28■■■□□ 2.92
CUX1P39880 ACTR3B-203ENST00000397282 1692 ntTSL 2 BASIC33.28■■■□□ 2.92
CUX1P39880 KRTCAP3-201ENST00000288873 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.28■■■□□ 2.92
CUX1P39880 CT47A1-201ENST00000433030 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.28■■■□□ 2.92
CUX1P39880 KLHL21-204ENST00000467612 1056 ntTSL 3 BASIC33.28■■■□□ 2.92
CUX1P39880 FAM86EP-206ENST00000510506 987 ntBASIC33.28■■■□□ 2.92
CUX1P39880 APBB3-216ENST00000511201 1014 ntTSL 5 BASIC33.28■■■□□ 2.92
CUX1P39880 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC33.28■■■□□ 2.92
CUX1P39880 AC006504.5-207ENST00000586220 487 ntTSL 2 BASIC33.28■■■□□ 2.92
CUX1P39880 CYGB-204ENST00000589342 815 ntTSL 3 BASIC33.28■■■□□ 2.92
CUX1P39880 AC116562.4-202ENST00000641738 218 ntBASIC33.28■■■□□ 2.92
CUX1P39880 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.28■■■□□ 2.92
CUX1P39880 NDUFA10-214ENST00000620965 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC33.28■■■□□ 2.92
CUX1P39880 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.28■■■□□ 2.92
CUX1P39880 RABAC1-201ENST00000222008 821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.28■■■□□ 2.92
CUX1P39880 TRPT1-203ENST00000394547 865 ntTSL 1 (best) BASIC33.28■■■□□ 2.92
CUX1P39880 KCTD7-202ENST00000443322 1160 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.28■■■□□ 2.92
CUX1P39880 AC003982.1-201ENST00000477404 484 ntTSL 2 BASIC33.28■■■□□ 2.92
CUX1P39880 AC141257.4-201ENST00000634557 245 ntBASIC33.28■■■□□ 2.92
CUX1P39880 AC136944.6-201ENST00000634818 245 ntBASIC33.28■■■□□ 2.92
CUX1P39880 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
CUX1P39880 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
CUX1P39880 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
CUX1P39880 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
CUX1P39880 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
CUX1P39880 CCR12P-201ENST00000446203 998 ntBASIC33.27■■■□□ 2.92
CUX1P39880 LINC01385-201ENST00000512310 780 ntTSL 4 BASIC33.27■■■□□ 2.92
CUX1P39880 AC005906.2-206ENST00000638180 1029 ntTSL 5 BASIC33.27■■■□□ 2.92
CUX1P39880 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC33.27■■■□□ 2.92
CUX1P39880 SARDH-201ENST00000298628 1484 ntTSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
CUX1P39880 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC33.26■■■□□ 2.92
CUX1P39880 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.26■■■□□ 2.92
CUX1P39880 PXMP4-201ENST00000217398 979 ntTSL 2 BASIC33.26■■■□□ 2.91
CUX1P39880 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC33.26■■■□□ 2.91
CUX1P39880 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC33.26■■■□□ 2.91
CUX1P39880 TMA7-201ENST00000438607 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.91
CUX1P39880 KCNIP4-206ENST00000447367 1641 ntTSL 5 BASIC33.26■■■□□ 2.91
CUX1P39880 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC33.26■■■□□ 2.91
CUX1P39880 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC33.26■■■□□ 2.91
CUX1P39880 AC011498.2-201ENST00000588798 540 ntTSL 3 BASIC33.26■■■□□ 2.91
CUX1P39880 ZNF667-AS1-208ENST00000594783 475 ntTSL 3 BASIC33.26■■■□□ 2.91
CUX1P39880 AC243829.1-201ENST00000615128 1059 ntTSL 2 BASIC33.26■■■□□ 2.91
CUX1P39880 AL121956.5-201ENST00000625261 221 ntBASIC33.26■■■□□ 2.91
CUX1P39880 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
CUX1P39880 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC33.25■■■□□ 2.91
CUX1P39880 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC33.25■■■□□ 2.91
CUX1P39880 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
CUX1P39880 DBX1-201ENST00000524983 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.25■■■□□ 2.91
CUX1P39880 TSPY5P-201ENST00000426936 936 ntBASIC33.25■■■□□ 2.91
CUX1P39880 COX11P1-201ENST00000489116 835 ntBASIC33.25■■■□□ 2.91
CUX1P39880 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
CUX1P39880 AC004080.2-201ENST00000523331 556 ntTSL 4 BASIC33.25■■■□□ 2.91
CUX1P39880 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
CUX1P39880 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.9 ms