Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 ANKRD2-202ENST00000307518 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 HYAL3-203ENST00000415204 959 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 PHKA1-204ENST00000373545 6173 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 STX6-204ENST00000542060 4809 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 BCL7B-206ENST00000455335 985 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD3P31249 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 MYH7B-201ENST00000262873 6293 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 CRB2-202ENST00000373631 5550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 AL135905.2-201ENST00000584934 1404 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 PPTC7-201ENST00000354300 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD3P31249 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.1 ms