Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 AL390816.1-201ENST00000553990 322 ntTSL 3 BASIC9.29□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 AC004381.1-201ENST00000565498 351 ntTSL 5 BASIC9.29□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 AC106037.2-201ENST00000578583 447 ntTSL 5 BASIC9.29□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 SNHG8-202ENST00000602483 309 ntTSL 3 BASIC9.29□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 SUMO2P15-201ENST00000604285 278 ntBASIC9.29□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 AL031601.1-201ENST00000605702 394 ntBASIC9.29□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 AC141002.1-201ENST00000607025 279 ntBASIC9.29□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 AC096861.1-201ENST00000616652 240 ntBASIC9.29□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 AC096708.4-201ENST00000620563 552 ntBASIC9.29□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 ZNF229-204ENST00000614049 4507 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.29□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 PKD1L1-201ENST00000289672 9092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.29□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 TGFBR3-202ENST00000370399 4550 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC9.29□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 RNF146-215ENST00000616343 2077 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC9.29□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 STAMBP-201ENST00000339566 6277 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC9.29□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 AP001541.1-201ENST00000623322 1904 ntBASIC9.29□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 KIF1B-211ENST00000620295 8624 ntTSL 1 (best) BASIC9.29□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 HELB-201ENST00000247815 12866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.28□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 RPL39P5-201ENST00000273411 449 ntTSL 1 (best) BASIC9.28□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 AL121835.1-201ENST00000404250 354 ntBASIC9.28□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 SUMO2P3-201ENST00000438311 288 ntBASIC9.28□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 AL022237.1-201ENST00000446663 358 ntBASIC9.28□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 RN7SL269P-201ENST00000467795 305 ntBASIC9.28□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 AC114956.1-201ENST00000504277 512 ntTSL 5 BASIC9.28□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 LINC00871-204ENST00000556886 866 ntTSL 3 BASIC9.28□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 RNU4ATAC-201ENST00000580972 127 ntBASIC9.28□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 AC020916.2-201ENST00000591242 360 ntBASIC9.28□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 AC245014.3-201ENST00000618589 347 ntBASIC9.28□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 LINC01320-210ENST00000626008 929 ntTSL 5 BASIC9.28□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 AC003992.1-201ENST00000635364 557 ntBASIC9.28□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 UTY-209ENST00000537580 6490 ntTSL 1 (best) BASIC9.28□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 SGIP1-201ENST00000237247 3997 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC9.28□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 AC068490.1-202ENST00000637384 3185 ntTSL 5 BASIC9.28□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 TOM1L1-220ENST00000575333 1849 ntTSL 1 (best) BASIC9.28□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 PLEKHA5-201ENST00000299275 4238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.28□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 AL121722.1-201ENST00000638550 4849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC9.28□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 Z83820.1-201ENST00000456978 1499 ntBASIC9.28□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 BTN3A2-201ENST00000356386 3017 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC9.28□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 DST-206ENST00000370788 17657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC9.28□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 ZNF347-202ENST00000452676 4553 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC9.28□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 RSAD2-201ENST00000382040 3519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.28□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 MEF2C-AS1-214ENST00000514794 2350 ntTSL 4 BASIC9.28□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 SECISBP2L-209ENST00000559471 7176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.28□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 ECT2-206ENST00000417960 4363 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC9.28□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 WFDC11-201ENST00000324384 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.28□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 FAM32BP-201ENST00000344033 333 ntBASIC9.28□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 RN7SKP162-201ENST00000363605 345 ntBASIC9.28□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 OR3A2-201ENST00000408891 1076 ntBASIC9.28□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 AC107079.1-201ENST00000416509 669 ntTSL 2 BASIC9.28□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 C7orf69-201ENST00000418326 675 ntTSL 4 BASIC9.28□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 IGKV2-18-201ENST00000522607 343 ntBASIC9.28□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 LINC02441-201ENST00000543651 552 ntTSL 4 BASIC9.28□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 AC005832.1-201ENST00000544380 572 ntTSL 4 BASIC9.28□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 AC010547.6-201ENST00000571789 193 ntBASIC9.28□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 AC087501.3-201ENST00000576477 513 ntTSL 5 BASIC9.28□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 HBS1L-212ENST00000527578 2618 ntTSL 1 (best) BASIC9.27□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 TCF12-214ENST00000559710 1314 ntTSL 2 BASIC9.27□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 AC104581.5-201ENST00000624171 7141 ntBASIC9.27□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 RBM23-203ENST00000359890 10040 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC9.27□□□□□ -0.92
TCOF1Q13428 MBD5-201ENST00000404807 5920 ntTSL 5 BASIC9.27□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 EIF3F-208ENST00000533626 7540 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC9.27□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 SLC2A14-203ENST00000431042 3458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.27□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 AL359922.2-201ENST00000581788 3017 ntBASIC9.27□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 LINC01470-202ENST00000506723 2193 ntTSL 2 BASIC9.27□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 SRGAP2-203ENST00000573034 6301 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.27□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 RNA5SP132-201ENST00000364725 118 ntBASIC9.27□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 FAM66C-201ENST00000372173 678 ntTSL 5 BASIC9.27□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 SAMD13-206ENST00000394834 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC9.27□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 MAGI2-AS3-204ENST00000426835 738 ntTSL 3 BASIC9.27□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 GSTM1-206ENST00000483399 512 ntTSL 3 BASIC9.27□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 RNA5SP34-201ENST00000516887 130 ntBASIC9.27□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 AC127526.3-201ENST00000534291 450 ntTSL 3 BASIC9.27□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 OR4H6P-201ENST00000563771 921 ntBASIC9.27□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 AC022916.4-201ENST00000585646 475 ntTSL 3 BASIC9.27□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 AL136131.3-201ENST00000607600 188 ntBASIC9.27□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 MTMR7-201ENST00000180173 3850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.27□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 HOOK3-201ENST00000307602 14398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.27□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 MTF1-201ENST00000373036 7972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.27□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 OR2A12-202ENST00000641592 4163 ntAPPRIS P1 BASIC9.27□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 AL391261.1-201ENST00000555712 1479 ntBASIC9.27□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 SSH2-204ENST00000540801 4538 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC9.27□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 PUM1-205ENST00000424085 4631 ntTSL 5 BASIC9.26□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 MAS1-201ENST00000252660 9841 ntAPPRIS P1 BASIC9.26□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 ZNF585A-202ENST00000356958 6822 ntTSL 2 BASIC9.26□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 VWA5A-203ENST00000392748 3419 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC9.26□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 CC2D2B-201ENST00000344386 1809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.26□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 ZNF610-202ENST00000327920 1855 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC9.26□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 GSTCD-201ENST00000360505 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.26□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 AC131649.2-201ENST00000624925 4439 ntBASIC9.26□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 FOXJ3-203ENST00000372571 4468 ntTSL 2 BASIC9.26□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 RARB-204ENST00000458646 2590 ntTSL 1 (best) BASIC9.26□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 NBPF12-204ENST00000613714 2701 ntTSL 5 BASIC9.26□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 ALG13-202ENST00000371979 2770 ntTSL 1 (best) BASIC9.26□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 ZNF227-202ENST00000391961 2993 ntTSL 4 BASIC9.26□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 AL157831.2-201ENST00000564681 3095 ntBASIC9.26□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 AP2B1-211ENST00000610402 3204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.26□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 IARS-213ENST00000627121 4587 ntTSL 5 BASIC9.26□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 DPY19L3-205ENST00000586987 5925 ntTSL 5 BASIC9.26□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 ZNF28-201ENST00000339844 650 ntTSL 4 BASIC9.26□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 RNA5SP333-201ENST00000363466 118 ntBASIC9.26□□□□□ -0.93
TCOF1Q13428 RNA5SP334-201ENST00000364825 118 ntBASIC9.26□□□□□ -0.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 95.1 ms