Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 AC145285.6-201ENST00000604632 637 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 FEZF1-202ENST00000427185 1368 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 NAT6-201ENST00000354862 1330 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 SPINK2-206ENST00000618802 608 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 FSCN1P1-201ENST00000568912 1481 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 TXNRD2-202ENST00000400518 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 LRRC75A-AS1-205ENST00000475953 1201 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.55
TRIM28Q13263 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 RCN1P1-201ENST00000400413 996 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 AC117500.4-201ENST00000542797 617 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 SIVA1-207ENST00000556195 674 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 TMEM179-206ENST00000616017 1645 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 GTF3A-201ENST00000381140 1383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC24.69■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 B3GAT3P1-201ENST00000471720 806 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 CELF6-205ENST00000567083 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRIM28Q13263 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
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