Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 KLC2-204ENST00000394067 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 COLEC12-201ENST00000400256 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 FAM189B-201ENST00000350210 2379 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 LMO4-202ENST00000370544 5405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 MYH14-206ENST00000596571 5988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 BCAM-201ENST00000270233 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 LHX3-202ENST00000371748 2365 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 ZNF280B-203ENST00000626650 5721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 PIP5K1C-201ENST00000335312 5080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 MAPT-210ENST00000535772 5718 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 EPOR-208ENST00000592375 2086 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 BEST4-201ENST00000372207 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 AC125437.2-201ENST00000625180 2167 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 ENTPD8-201ENST00000344119 2111 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 TXNRD2-202ENST00000400518 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXA4Q00056 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.4 ms