Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 AC092967.1-201ENST00000449016 481 ntBASIC9.46□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 UBFD1P1-201ENST00000473259 814 ntBASIC9.46□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 RN7SL860P-201ENST00000473738 223 ntBASIC9.46□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 L3HYPDH-206ENST00000487285 700 ntTSL 3 BASIC9.46□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 OR5H7P-201ENST00000514084 930 ntBASIC9.46□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 SCARNA18.1-201ENST00000516330 83 ntBASIC9.46□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 AP002336.3-201ENST00000526017 367 ntTSL 3 BASIC9.46□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 GMDS-AS1-212ENST00000534160 720 ntTSL 3 BASIC9.46□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 LINC02454-201ENST00000539116 589 ntTSL 4 BASIC9.46□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 AC089998.2-201ENST00000551856 277 ntTSL 3 BASIC9.46□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 AC135626.1-201ENST00000556983 435 ntBASIC9.46□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 AL162464.1-201ENST00000557642 554 ntTSL 5 BASIC9.46□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 UBE2E3-208ENST00000602632 446 ntTSL 2 BASIC9.46□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 PSMD10P2-203ENST00000627340 914 ntTSL 5 BASIC9.46□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 THRB-IT1-201ENST00000425296 1754 ntTSL 2 BASIC9.46□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 RASSF8-213ENST00000542865 2219 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC9.46□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 LINC02153-202ENST00000522604 1644 ntTSL 2 BASIC9.45□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 LRRC8B-203ENST00000439853 7474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.45□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 UBE4B-202ENST00000343090 5267 ntTSL 1 (best) BASIC9.45□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 SYT14-207ENST00000629778 1860 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.45□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 TTLL5-217ENST00000556893 3071 ntTSL 1 (best) BASIC9.45□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 MTHFD2L-207ENST00000433372 1407 ntTSL 1 (best) BASIC9.45□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 LINC02010-202ENST00000471638 1829 ntTSL 1 (best) BASIC9.45□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 VPS8-201ENST00000287546 5047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC9.45□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 AP2B1-215ENST00000616681 3267 ntTSL 2 BASIC9.45□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 SLC9A6-213ENST00000637234 4691 ntTSL 5 BASIC9.45□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 SLC7A2-203ENST00000470360 7638 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC9.45□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 CDH8-203ENST00000577390 9721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.45□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 ERCC4-201ENST00000311895 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.45□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 CLEC2D-201ENST00000261339 465 ntTSL 1 (best) BASIC9.45□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 OR4Q3-201ENST00000331723 942 ntAPPRIS P1 BASIC9.45□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 MIR105-2-201ENST00000385083 81 ntBASIC9.45□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 PEX5L-AS2-201ENST00000462801 630 ntTSL 2 BASIC9.45□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 OSMR-AS1-201ENST00000506463 800 ntTSL 3 BASIC9.45□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 LINC01217-201ENST00000514427 562 ntTSL 4 BASIC9.45□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 AC021269.1-201ENST00000526860 705 ntBASIC9.45□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 AP005639.1-201ENST00000526939 192 ntBASIC9.45□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 AL390726.5-202ENST00000564800 256 ntBASIC9.45□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 AC004477.3-201ENST00000614061 590 ntBASIC9.45□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 SEM1-202ENST00000356686 2667 ntTSL 5 BASIC9.45□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 MAPK10-298ENST00000641297 3040 ntAPPRIS P2 BASIC9.45□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 TNC-202ENST00000350763 7641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC9.45□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 TBC1D23-202ENST00000394144 3677 ntTSL 1 (best) BASIC9.45□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 ZNF462-204ENST00000441147 4691 ntTSL 1 (best) BASIC9.45□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 FREM1-202ENST00000380880 7324 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC9.45□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 RPGRIP1L-206ENST00000564374 3877 ntTSL 2 BASIC9.45□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 AC022325.1-201ENST00000502748 2199 ntBASIC9.45□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 AC104066.2-201ENST00000564513 1741 ntTSL 3 BASIC9.44□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 CACNA2D3-212ENST00000620722 3296 ntTSL 1 (best) BASIC9.44□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 MAP3K7CL-209ENST00000399947 2003 ntTSL 1 (best) BASIC9.44□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 ABI1-207ENST00000376142 3576 ntTSL 1 (best) BASIC9.44□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 RBMY1HP-201ENST00000382759 1389 ntBASIC9.44□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 MKI67-202ENST00000368654 12678 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC9.44□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 GBP4-201ENST00000355754 6127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.44□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 AL133243.4-201ENST00000623116 3109 ntBASIC9.44□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 PRIM2-201ENST00000274891 864 ntTSL 1 (best) BASIC9.44□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 OR52B3P-201ENST00000314715 928 ntBASIC9.44□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 LINC02257-201ENST00000412445 605 ntTSL 2 BASIC9.44□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 GAPDHP75-201ENST00000433910 943 ntBASIC9.44□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 AL731661.2-201ENST00000448824 806 ntTSL 1 (best) BASIC9.44□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 RPS27AP3-201ENST00000453803 454 ntBASIC9.44□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 RN7SL799P-201ENST00000475891 298 ntBASIC9.44□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 GYPB-213ENST00000513128 360 ntTSL 1 (best) BASIC9.44□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 LINC02270-202ENST00000515691 541 ntTSL 3 BASIC9.44□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 AL157871.6-201ENST00000553954 206 ntTSL 2 BASIC9.44□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 RFPL4AP6-201ENST00000616792 846 ntBASIC9.44□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 AC016769.4-201ENST00000616893 535 ntBASIC9.44□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 AL132640.3-201ENST00000630473 177 ntBASIC9.44□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 CARD8-202ENST00000391898 5263 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.44□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 VTCN1-201ENST00000328189 2289 ntTSL 5 BASIC9.44□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 ZNF540-201ENST00000316433 3099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.44□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 UGT3A1-207ENST00000625798 3097 ntTSL 1 (best) BASIC9.44□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 HEPH-202ENST00000343002 4854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.44□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 CFAP70-202ENST00000340329 1403 ntTSL 5 BASIC9.44□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 CEACAM1-203ENST00000352591 3170 ntTSL 1 (best) BASIC9.43□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 ZNF192P1-201ENST00000440790 1628 ntTSL 5 BASIC9.43□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 ZNF83-205ENST00000594682 2890 ntTSL 4 BASIC9.43□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 AC092692.1-201ENST00000623625 2595 ntBASIC9.43□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 NFIB-218ENST00000636432 1953 ntTSL 5 BASIC9.43□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 RNA5SP500-201ENST00000364486 119 ntBASIC9.43□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 ZCCHC6-202ENST00000375947 611 ntTSL 5 BASIC9.43□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 CEACAM7-202ENST00000401731 1236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC9.43□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 AL354890.1-201ENST00000413730 346 ntBASIC9.43□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 RPL7AP14-201ENST00000424041 802 ntBASIC9.43□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 AL121776.1-201ENST00000429337 372 ntBASIC9.43□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 CFL1P4-201ENST00000451536 498 ntBASIC9.43□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 FO393408.1-201ENST00000458577 582 ntTSL 5 BASIC9.43□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 RPSAP39-201ENST00000467439 883 ntBASIC9.43□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 AC108866.1-204ENST00000508362 558 ntTSL 4 BASIC9.43□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 HOMER1-204ENST00000508576 815 ntTSL 1 (best) BASIC9.43□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 LIAS-205ENST00000509519 1005 ntTSL 2 BASIC9.43□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 Y_RNA.710-201ENST00000516975 110 ntBASIC9.43□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 AC090155.1-201ENST00000520800 407 ntTSL 3 BASIC9.43□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 MITF-217ENST00000531774 1074 ntTSL 1 (best) BASIC9.43□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 AC073941.1-201ENST00000559148 539 ntTSL 4 BASIC9.43□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 PCBP1-AS1-282ENST00000625783 826 ntTSL 5 BASIC9.43□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 LINC02536-201ENST00000625799 625 ntTSL 3 BASIC9.43□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 OR7A1P-202ENST00000641542 1158 ntBASIC9.43□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 AC026316.3-201ENST00000497988 3097 ntTSL 1 (best) BASIC9.43□□□□□ -0.9
TCOF1Q13428 DNA2-208ENST00000551118 3468 ntTSL 5 BASIC9.43□□□□□ -0.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 114.6 ms