Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 PLCL1-201ENST00000428675 5125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 ANG-201ENST00000336811 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 MAF1-201ENST00000322428 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 AC233702.5-201ENST00000584107 538 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 ST6GALNAC6-215ENST00000542456 2018 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 AC012618.2-201ENST00000428058 849 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 TSPY7P-201ENST00000431358 1114 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 TSPY1-202ENST00000451548 1160 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHMP3Q9Y3E7 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 NES-201ENST00000368223 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD2-202ENST00000307518 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 IL17RC-202ENST00000383812 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 62.8 ms