Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 WDR90-201ENST00000293879 5488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 ADGRD2-201ENST00000334810 3244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 ULK1-201ENST00000321867 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 MORF4L1-201ENST00000331268 2359 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 SMAD7-201ENST00000262158 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 AC093627.4-201ENST00000484550 5008 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 ZNRF3-203ENST00000544604 6851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 ORAI2-204ENST00000473939 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 PHF12-201ENST00000268756 2957 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 PGP-201ENST00000333503 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 UVSSA-207ENST00000511216 2927 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 SH2B1-202ENST00000337120 6043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 CDH24-205ENST00000554034 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 CBFA2T2-201ENST00000342704 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 LINC00315-201ENST00000441947 2323 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 FBXL17-205ENST00000542267 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 TM7SF3-201ENST00000343028 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 AGTR1-201ENST00000349243 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 AC129492.1-201ENST00000399413 1804 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 SCARF1-202ENST00000348987 2619 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 NRG2-202ENST00000289422 2923 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 PGS1-201ENST00000262764 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 NEFHP1-201ENST00000412845 2629 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 NHLH2-201ENST00000320238 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 CGRRF1-201ENST00000216420 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 ASPHD2-201ENST00000215906 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC39Q9UFE4 PRSS36-202ENST00000418068 2446 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.3 ms