Protein–RNA interactions for Protein: O75379

VAMP4, Vesicle-associated membrane protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VAMP4O75379 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC25.45■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 CHST8-203ENST00000438847 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 BYSL-201ENST00000230340 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 SAXO1-202ENST00000380534 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC25.4■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
VAMP4O75379 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.7 ms