Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 AL034417.2-201ENST00000445300 2044 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 ANKRD40-201ENST00000285243 4184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 SLC27A3-204ENST00000368661 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 ENTPD6-202ENST00000360031 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 RIMKLB-202ENST00000357529 5830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 NFATC1-217ENST00000591814 4819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 RBM26-207ENST00000622611 5230 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 TBX21-201ENST00000177694 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 AGPAT5-201ENST00000285518 3685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 BMP1-202ENST00000306385 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 EGFL7-203ENST00000371699 2125 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 ZNF280B-203ENST00000626650 5721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 AC254629.1-202ENST00000618276 2112 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 DCAF4-201ENST00000353777 1940 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 ETV4-201ENST00000319349 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 P2RY6-212ENST00000618468 2431 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 TNFRSF8-202ENST00000413146 2363 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 CDCA7L-203ENST00000406877 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 ENTPD8-201ENST00000344119 2111 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 ZNF692-204ENST00000451251 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 GALNT10-201ENST00000297107 5961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 ECHDC1-214ENST00000474289 2443 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 COBL-202ENST00000395540 2332 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 FAM160A2-201ENST00000265978 3481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 ADORA2A-201ENST00000337539 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 NAT8L-201ENST00000331662 5571 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 KCNC3-203ENST00000477616 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 NBPF9-209ENST00000621645 5632 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 PARP15-202ENST00000464300 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 MARK2-203ENST00000377810 4560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 CPQ-201ENST00000220763 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 AP001626.1-201ENST00000424890 2854 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC39Q9UFE4 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.2 ms