Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 AC012618.2-201ENST00000428058 849 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 SUMO2-203ENST00000578238 490 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.66
CHMP4AQ9BY43 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 CD151-213ENST00000528011 1369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC25.39■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC25.39■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 EIF2B1-204ENST00000537073 1768 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 BRSK2-215ENST00000544817 1842 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 RTL8A-201ENST00000370775 1244 ntAPPRIS P1 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 NDUFA13-203ENST00000503283 825 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 AC233702.5-201ENST00000584107 538 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 AL024498.1-202ENST00000606652 480 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19 ms