Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 GABARAPL3-202ENST00000624044 1851 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 DISC1-215ENST00000602281 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 SMIM8-209ENST00000608868 815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 NYAP1-202ENST00000454988 2777 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 RCN1P1-201ENST00000400413 996 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 RN7SL850P-201ENST00000579959 291 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 PRDM11-201ENST00000424263 1858 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 SMAD4-201ENST00000342988 8769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 CACNA1A-247ENST00000637769 8648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CHD3Q12873 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
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