Protein–RNA interactions for Protein: P49711

CTCF, Transcriptional repressor CTCF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTCFP49711 AP000721.2-201ENST00000537170 650 ntTSL 4 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CTCFP49711 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CTCFP49711 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CTCFP49711 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CTCFP49711 GTF3A-201ENST00000381140 1383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CTCFP49711 MLF2-202ENST00000435120 1379 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CTCFP49711 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CTCFP49711 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CTCFP49711 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CTCFP49711 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CTCFP49711 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CTCFP49711 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CTCFP49711 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
CTCFP49711 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CTCFP49711 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CTCFP49711 RBX1-201ENST00000216225 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CTCFP49711 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CTCFP49711 TMEM160-201ENST00000253047 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CTCFP49711 CD1E-210ENST00000368165 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CTCFP49711 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CTCFP49711 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CTCFP49711 ZFAND2B-207ENST00000409412 569 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CTCFP49711 CD1E-214ENST00000452291 745 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CTCFP49711 SPINT1-AS1-202ENST00000564302 643 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CTCFP49711 AC104532.1-201ENST00000588891 580 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CTCFP49711 AC022150.1-201ENST00000599222 640 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CTCFP49711 NOL12-207ENST00000611699 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CTCFP49711 AC008622.2-201ENST00000617006 1229 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
CTCFP49711 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CTCFP49711 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CTCFP49711 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CTCFP49711 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CTCFP49711 FCN3-201ENST00000270879 1030 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CTCFP49711 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CTCFP49711 FCN3-202ENST00000354982 997 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CTCFP49711 FXN-203ENST00000396366 922 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CTCFP49711 PLPP5-202ENST00000422581 853 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CTCFP49711 CCR12P-201ENST00000446203 998 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
CTCFP49711 TRPC2-202ENST00000526541 1189 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CTCFP49711 FXYD7-203ENST00000586063 456 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CTCFP49711 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CTCFP49711 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CTCFP49711 CYB561-205ENST00000542042 1302 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CTCFP49711 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CTCFP49711 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CTCFP49711 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CTCFP49711 ROMO1-202ENST00000374072 350 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CTCFP49711 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CTCFP49711 NDUFV2-207ENST00000497577 868 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CTCFP49711 SKP2-204ENST00000508514 821 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CTCFP49711 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CTCFP49711 CYGB-204ENST00000589342 815 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CTCFP49711 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CTCFP49711 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CTCFP49711 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CTCFP49711 LINC02361-201ENST00000538731 1484 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CTCFP49711 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CTCFP49711 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CTCFP49711 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CTCFP49711 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CTCFP49711 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CTCFP49711 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CTCFP49711 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CTCFP49711 TMA7-201ENST00000438607 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CTCFP49711 AC009078.2-202ENST00000463353 338 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
CTCFP49711 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
CTCFP49711 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
CTCFP49711 GFOD2-207ENST00000602855 819 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CTCFP49711 AC140113.3-201ENST00000605663 199 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
CTCFP49711 REXO2-220ENST00000611665 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CTCFP49711 ABBA01031674.1-201ENST00000635145 728 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
CTCFP49711 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CTCFP49711 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CTCFP49711 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CTCFP49711 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CTCFP49711 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CTCFP49711 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CTCFP49711 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CTCFP49711 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CTCFP49711 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CTCFP49711 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CTCFP49711 GNGT2-201ENST00000300406 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CTCFP49711 YPEL3-201ENST00000398838 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CTCFP49711 AC010653.2-201ENST00000623505 997 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
CTCFP49711 AC117500.6-201ENST00000624871 588 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
CTCFP49711 SERPINH1-212ENST00000530284 1358 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CTCFP49711 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CTCFP49711 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
CTCFP49711 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
CTCFP49711 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CTCFP49711 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CTCFP49711 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CTCFP49711 SLC25A51-202ENST00000377716 1691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CTCFP49711 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CTCFP49711 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CTCFP49711 ZMYM5-202ENST00000382905 1382 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CTCFP49711 GUCA2B-201ENST00000372581 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CTCFP49711 HLA-G-203ENST00000376818 1127 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
CTCFP49711 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CTCFP49711 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.4 ms