Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 C18orf25-204ENST00000615553 2329 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 AC012618.2-201ENST00000428058 849 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 POLE2-202ENST00000539565 1792 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 CCDC91-207ENST00000539107 2440 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 AC087289.5-201ENST00000586076 3175 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC18.02■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 TPD52-209ENST00000518937 2856 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 CORO1B-202ENST00000393893 1931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 PRSS3-201ENST00000342836 1144 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 CENPS-CORT-202ENST00000465026 494 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 CENPS-CORT-203ENST00000470413 626 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC18.02■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 ZNF692-204ENST00000451251 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 CAPN1-226ENST00000533820 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 MARK2-208ENST00000508192 2924 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC18■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC18■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC18■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.9 ms